English
Français
Ελληνικά
Italiano
Část 2: Mnohočetná přiřazení proteinových sekvencí (multiple sequence alignment)
Overview
Výborně! V první úloze jste pravděpodobně zjistili, že náš neznámý protein byl hovězí rhodopsin – světločivná molekula v sítnici oka. Teď se pokusíme dozvědět něco více o této proteinové rodině a vyzkoušíme, jestli nám bioinformatika může pomoci porozumět jejich biochemii a evoluci.
Za tímto účelem vytvoříme nejdříve mnohočetné přiřazení proteinových sekvencí. To znamená, že vezmeme mnoho aminokyselinových sekvencí (které byste získali např. zkopírováním všech výsledků z vašeho BLASTu) a pomocí bioinformatického programu je položíme na sebe tak, že podobné aminokyselinové zbytky a sekvenční úseky budou vždy pod sebou.
Připravený soubor proteinových sekvencí naleznete v záložce “Sekvence”. První z nich je hovězí rhodopsin, se kterým jste již pracovali v první části. K vytvoření mnohočetného přiřazení použijeme následně bioinformatický nástroj EMBL-EBI MUSCLE.
Vaše úloha
Postupujte následovně:
1. Pomocí EMBL-EBI MUSCLE vytvořte mnohočetné přiřazení 24 opsinových sekvencí, které získáte v záložce “Sekvence”.
2. Řiďte se instrukcemi v záložce “MUSCLE” a pokuste se odpovědět na otázky v záložce “Otázky”.
Sekvence
Your input sequences:
>Bos_rho MNGTEGPNFYVPFSNKTGVVRSPFEAPQYYLAEPWQFSMLAAYMFLLIMLGFPINFLTLYVTVQHKKLRTPLNYILLNLAVADLFMVFGGFTTTLYTSLHGYFVFGPTGCNLEGFFATLGGEIALWSLVVLAIERYVVVCKPMSNFRFGENHAIMGVAFTWVMALACAAPPLVGWSRYIPEGMQCSCGIDYYTPHEETNNESFVIYMFVVHFIIPLIVIFFCYGQLVFTVKEAAAQQQESATTQKAEKEVTRMVIIMVIAFLICWLPYAGVAFYIFTHQGSDFGPIFMTIPAFFAKTSAVYNPVIYIMMNKQFRNCMVTTLCCGKNPLGDDEASTTVSKTETSQVAPA
>Homo_rho MNGTEGPNFYVPFSNATGVVRSPFEYPQYYLAEPWQFSMLAAYMFLLIVLGFPINFLTLYVTVQHKKLRTPLNYILLNLAVADLFMVLGGFTSTLYTSLHGYFVFGPTGCNLEGFFATLGGEIALWSLVVLAIERYVVVCKPMSNFRFGENHAIMGVAFTWVMALACAAPPLAGWSRYIPEGLQCSCGIDYYTLKPEVNNESFVIYMFVVHFTIPMIIIFFCYGQLVFTVKEAAAQQQESATTQKAEKEVTRMVIIMVIAFLICWVPYASVAFYIFTHQGSNFGPIFMTIPAFFAKSAAIYNPVIYIMMNKQFRNCMLTTICCGKNPLGDDEASATVSKTETSQVAPA
>Homo_melan MNPPSGPRVPPSPTQEPSCMATPAPPSWWDSSQSSISSLGRLPSISPTAPGTWAAAWVPLPTVDVPDHAHYTLGTVILLVGLTGMLGNLTVIYTFCRSRSLRTPANMFIINLAVSDFLMSFTQAPVFFTSSLYKQWLFGETGCEFYAFCGALFGISSMITLTAIALDRYLVITRPLATFGVASKRRAAFVLLGVWLYALAWSLPPFFGWSAYVPEGLLTSCSWDYMSFTPAVRAYTMLLCCFVFFLPLLIIIYCYIFIFRAIRETGRALQTFGACKGNGESLWQRQRLQSECKMAKIMLLVILLFVLSWAPYSAVALVAFAGYAHVLTPYMSSVPAVIAKASAIHNPIIYAITHPKYRVAIAQHLPCLGVLLGVSRRHSRPYPSYRSTHRSTLTSHTSNLSWISIRRRQESLGSESEVGWTHMEAAAVWGAAQQANGRSLYGQGLEDLEAKAPPRPQGHEAETPGKTKGLIPSQDPRM
>Octopus_rho MVESTTLVNQTWWYNPTVDIHPHWAKFDPIPDAVYYSVGIFIGVVGIIGILGNGVVIYLFSKTKSLQTPANMFIINLAMSDLSFSAINGFPLKTISAFMKKWIFGKVACQLYGLLGGIFGFMSINTMAMISIDRYNVIGRPMAASKKMSHRRAFLMIIFVWMWSIVWSVGPVFNWGAYVPEGILTSCSFDYLSTDPSTRSFILCMYFCGFMLPIIIIAFCYFNIVMSVSNHEKEMAAMAKRLNAKELRKAQAGASAEMKLAKISMVIITQFMLSWSPYAIIALLAQFGPAEWVTPYAAELPVLFAKASAIHNPIVYSVSHPKFREAIQTTFPWLLTCCQFDEKECEDANDAEEEVVASERGGESRDAAQMKEMMAMMQKMQAQQAAYQPPPPPQGYPPQGYPPQGAYPPPQGYPPQGYPPQGYPPQGYPPQGAPPQVEAPQGAPPQGVDNQAYQA
>Mizuhopecten_Gqops MADNKSTLPGLPDINGTLNRSMTPNTGWEGPYDMSVHLHWTQFPPVTEEWHYIIGVYITIVGLLGIMGNTTVVYIFSNTKSLRSPSNLFVVNLAVSDLIFSAVNGFPLLTVSSFHQKWIFGSLFCQLYGFVGGVFGLMSINTLTAISIDRYVVITKPLQASQTMTRRKVHLMIVIVWVLSILLSIPPFFGWGAYIPEGFQTSCTFDYLTKTARTRTYIVVLYLFGFLIPLIIIGVCYVLIIRGVRRHDQKMLTITRSMKTEDARANNKRARSELRISKIAMTVTCLFIISWSPYAIIALIAQFGPAHWITPLVSELPMMLAKSSSMHNPVVYALSHPKFRKALYQRVPWLFCCCKPKEKADFRTSVCSKRSVTRTESVNSDVSSVISNLSDSTTTLGLTSEGATRANRETSFRRSVSIIKGDEDPCTHPDTFLLAYKEVEVGNLFDMTDDQNRRDSNLHSLYIPTRVQHRPTTQSLGTTPGGVYIVDNGQRVNGLTFNS
>Drosophila_rh6 MASLHPPSFAYMRDGRNLSLAESVPAEIMHMVDPYWYQWPPLEPMWFGIIGFVIAILGTMSLAGNFIVMYIFTSSKGLRTPSNMFVVNLAFSDFMMMFTMFPPVVLNGFYGTWIMGPFLCELYGMFGSLFGCVSIWSMTLIAYDRYCVIVKGMARKPLTATAAVLRLMVVWTICGAWALMPLFGWNRYVPEGNMTACGTDYFAKDWWNRSYIIVYSLWVYLTPLLTIIFSYWHIMKAVAAHEKAMREQAKKMNVASLRNSEADKSKAIEIKLAKVALTTISLWFFAWTPYTIINYAGIFESMHLSPLSTICGSVFAKANAVCNPIVYGLSHPKYKQVLREKMPCLACGKDDLTSDSRTQATAEISESQA
>Drosophila_rh2 MERSHLPETPFDLAHSGPRFQAQSSGNGSVLDNVLPDMAHLVNPYWSRFAPMDPMMSKILGLFTLAIMIISCCGNGVVVYIFGGTKSLRTPANLLVLNLAFSDFCMMASQSPVMIINFYYETWVLGPLWCDIYAGCGSLFGCVSIWSMCMIAFDRYNVIVKGINGTPMTIKTSIMKILFIWMMAVFWTVMPLIGWSAYVPEGNLTACSIDYMTRMWNPRSYLITYSLFVYYTPLFLICYSYWFIIAAVAAHEKAMREQAKKMNVKSLRSSEDCDKSAEGKLAKVALTTISLWFMAWTPYLVICYFGLFKIDGLTPLTTIWGATFAKTSAVYNPIVYGISHPKYRIVLKEKCPMCVFGNTDEPKPDAPASDTETTSEADSKA
>Xenopus_melanops MDLGKTVEYGTHRQDAIAQIDVPDQVLYTIGSFILIIGSVGIIGNMLVLYAFYRNKKLRTAPNYFIINLAISDFLMSATQAPVCFLSSLHREWILGDIGCNVYAFCGALFGITSMMTLLAISINRYIVITKPLQSIQWSSKKRTSQIIVLVWMYSLMWSLAPLLGWSSYVPEGLRISCTWDYVTSTMSNRSYTMMLCCCVFFIPLIVISHCYLFMFLAIRSTGRNVQKLGSYGRQSFLSQSMKNEWKMAKIAFVIIIVFVLSWSPYACVTLIAWAGHGKSLTPYSKTVPAVIAKASAIYNPIIYGIIHPKYRETIHKTVPCLRFLIREPKKDIFESSVRGSIYGRQSASRKKNSFISTVSTAETVSSHIWDNTPNGHWDRKSLSQTMSNLCSPLLQDPNSSHTLEQTLTWPDDPSPKEILLPSSLKSVTYPIGLESIVKDEHTNNSCVRNHRVDKSGGLDWIINATLPRIVIIPTSESNISETKEEHDNNSEEKSKRTEEEEDFFNFHVDTSLLNLEGLNSSTDLYEVVERFLS
>Platynereis_rops MSRSEVLVPGSMSLDGLLTTAHPIGNDSIETILHPYWQQFDIENTIPDSWHYAVAAWMTFFGILGVSGNLLVVWTFLKTKSLRTAPNMLLVNLAIGDMAFSAINGFPLLTISSINKRWVWGKLWRELYAFVGGIFGLMSINTLAWIAIDRFYVITNPLGAAQTMTKKRAFIILTIIWANASLWALAPFFGWGAYIPEGFQTSCTYDYLTQDMNNYTYVLGMYLFGFIFPVAIIFFCYLGIVRAIFAHHAEMMATAKRMGANTGKADADKKSEIQIAKVAAMTIGTFMLSWTPYAVVGVFGMIKPHSEMFIHPLLAEIPVMMAKASARYNPIIYALSHPKFRAEIDKHFPWLLCCCKPKPKAQLPSSTTKGSIASKTEADTSV
>Danio_melanops MSHHSSWRGHHCAPGDINCTAGFKESLGSRNYKLLHVPVHGPTHSHHHDPPHPFPTVDVPDHAHYIIGSVILIVGITGVIGNALVVYVFCRSRTLRTAGNMFIVNLAVADFLMSVTQSPVFFAASLHRRWVFGERPCELYAFCGALFGICSMMTLTAIAADRCLAITQPLALVSRVSRRKAGAVFVVVWLYSLGWSLPPFFGWSAYVPEGLQTSCSWDYMTFTPSVRAYTILLFVFVFFIPLGIIGSCYFAIFQTIRAAGKEIRELDCGETHKVYERMQNEWKMAKVALVVILLFIISWSPYSVVALTATAGYSHFLTPYMNSVPAVIAKASAIHNPIIYAITHPKYRVAIARYIPVLRPILRVKEKDLRSSFSSGSVSSRRPTLTSHQCSLGVSMGNAARANGRWGKTRLSSASDSDSCWTESEADGSSVSSLTFGRRVSTEISTDTVILSPGSSVSNASGQKSERAHKVVSVPVPSITFETDAADGESLSDGKALLGGN
>Sepia_rho MGRDIPDNETWWYNPTMEVHPHWKQFNQVPDAVYYSLGIFIGICGIIGCTGNGIVIYLFTKTKSLQTPANMFIINLAFSDFTFSLVNGFPLMTISCFIKKWVFGMAACKVYGFIGGIFGLMSIMTMSMISIDRYNVIGRPMAASKKMSHRRAFLMIIFVWMWSTLWSIGPIFGWGAYVLEGVLCNCSFDYITRDSATRSNIVCMYIFAFCFPILIIFFCYFNIVMAVSNHEKEMAAMAKRLNAKELRKAQAGASAEMKLAKISIVIVTQFLLSWSPYAVVALLAQFGPIEWVTPYAAQLPVMFAKASAIHNPLIYSVSHPKFREAIAENFPWIITCCQFDEKEVEDDKDAETEIPATEQSGGESADAAQMKEMMAMMQKMQQQQAAYPPQGAYPPQGGYPPQGYPPPPAQGGYPPQGYPPPPQGYPPAQGYPPQGYPPPQGAPPQGAPPQAAPPQGVDNQAYQA
>Takifugu_TMT MIVSNVSLSGCAGVNGAVCAAEGHQAGGSDRSTLTPTGNLVVSVFLGFIGTFGLVNNLLVLVLFCRYKMLRSPINLLLMNISISDLLVCVLGTPFSFAASTQGRWLIGEAGCVWYGFANSLFGVVSLISLAVLSFERYSTMMTPTEADPSNYCKVCLGITLSWVYSLVWTVPPLFGWSSYGPEGPGTTCSVNWTAKTTNSISYIICLFVFCLIVPFLVIVFCYGKLLCAIRQVSGINASTSRKREQRVLCMVVIMVICYLLCWLPYGVVALLATFGPPDLVTPEASIIPSVLAKSSTVINPIIYVFMNKQFYRCFLALLCCQDPRSGSSMKSSSKVATKAKGVTPTGQRRTDLLYMVASLGRPAATIPQLGPSFDATNDFTKPPSSDTIKPVVVSLAAHCDG
>Gallus_LWops MSSNSSQAPPNGTPGPFDGPQWPYQAPQSTYVGVAVLMGTVVACASVVNGLVIVVSICYKKLRSPLNYILVNLAVADLLVTLCGSSVSLSNNINGFFVFGRRMCELEGFMVSLTGIVGLWSLAILALERYVVVCRPLGDFQFQRRHAVSGCAFTWGWALLWSTPPLLGWSSYVPEGLRTSCGPNWYTGGSNNNSYILSLFVTCFVLPLSLILFSYTNLLLTLRAAAAQQKEADTTQRAEREVTRMVIVMVMAFLLCWLPYSTFALVVATHKGIIIQPVLASLPSYFSKTATVYNPIIYVFMNKQFQSCLLEMLCCGYQPQRTGKASPGTPGPHADVTAAGLRNKVMPAHPV
>Xenopus_Parietops MDGNSTTPGIAVNLTVMPTIFPRSGYSILSFLMFLNAVFSICNNAIVILVTLKHPQLRNPINIFILNLSFSDLMMALCGTTIVVSTNYHGYFYLGKQFCIFQGFAVNYFGIVSLWSLTLLAYERYNVVCEPIGALKLSTKRGYQGLVFIWLFCLFWAIAPLFGWSSYGPEGVQTSCSIGWEERSWSNYSYIISYFLTCFIIPVGIIGFSYGSILRSLHQLNRKIEQQGGKTNPREEKRVVIMVLFMVLAFLICWLPYTVFALIVVINPQLYISPLAATLPTYFAKTSPVYNPIIYIFLNKQFRTYAVQCLTCGHINLDSLEEDTESVSAQAENMLTPKTNQVAPA
>Danio_MW4 MNGTEGNNFYIPLSNRTGLARSPYEYPQYYLAEPWQFKLLAVYMFFLICLGFPINGLTLLVTAQHKKLRQPLNFILVNLAVAGTIMVCFGFTVTFYTAINGYFVLGPTGCAIEGFMATLGGEVALWSLVVLAVERYIVVCKPMGSFKFSASHAFAGCAFTWVMAMACAAPPLVGWPRYIPEGMQCSCGPDYYTLNPEYNNESYVLYMFICHFILPVTIIFFTYGRLVCTVKAAAAQQQESESTQKAEREVTRMVILMVLGFLIAWTPYATVAAWIFFNKGAAFSAQFMAVPAFFSKTSALYNPVIYVLLNKQFRNCMLTTLFCGKNPLGDDESSTVSTSKTEVSSVSPA
>Danio_extraocular MNGTEGPNFYVPMSNRTGLVRSPFEEPQYYLAEPWQFSLLAAYMLFLILGSFPINALTLYVTVQHKKLRTPLNYILLNLAVADLFMVLGGFTVTLYTALHGYFLLGVTGCNIEGFFATLGGEIALWSLVVLAIERYIVVCKPMSTFRFGEKHAIIGVGFTWVMALTCAVPPLLGWSRYIPEGMQCSCGIDYYTPKPEVHNTSFVIYMFILHFSIPLLIIFFCYSRLLCTVRAAAAQQQESETTQRAEREVTRMVVVMVIAFLVCWVPYASVAWYIFANQGAEFGPVFMTVPAFFAKSAALYNPVIYIMLNRQFRNCMLSTVCCGKNPLAEDESSSAVSSKTQSSVVSSAQVSPA
>Latimeria_Rh2 MNGTEGMNFYVPLSNRTGLVRSPFEYTQYYLAEPWKFSVLCAYMFLLIILGFPINFLTLLVTFKHKKLRQPLNYILVNLAVASLFMVVFGFTVTFYSSLNGYFVLGPMGCAMEGFFATLGGQVALWSLVVLAIERYIVVCKPMGNFRFASSHAIMGIAFTWIMALACAAPPLVGWSRYIPEGLQCSCGPDYYTLNPDFHNESYVMYLFLVHFLLPIIIIFFTYGRLICKVKEAAAQQQESASTQKAEKEVTRMVILMVIGFLTAWVPYASAAFWIFCNRGAEFTATLMTVPAFFSKSSCLFNPIIYVLLNKQFRNCMITTLCCGKNPLGDDDTSSAVSQSKTDVSSVSSSQVSPA
>Xenopus_green_ops MSKGRPDLRMEMPDEFYVPIPLETTNISSLSPFLVPQTHLGTPGIFMSISAFMLFTIIFGFPLNLLTIICTVKYKKLRSHLNYILVNLAVANLIVICFGSTTAFYSFSQMYFSLGTLACKIEGFTATLGGIIGLWSLAVVAFERFLVICKPMGNFTFRESHAVLGCILTWVIGLVAAIPPLLGWSRYIPEGLQCSCGPDWYTVNNKWNNESYVLFLFCFCFGFPLAIIVFSYGRLLLALHAVAKQQEQSATTQKAEREVTRMVIVMVVGFLVCWLPYASFALWAVTHRGELFDLRMSSVPSVFSKASTVYNPFIYIFMNRQFRSCMMKMIFCGKNPLGDDEETSVSGSTQVSSVSSSQIAPS
>Xenopus_violet_ops MLEEEDFYLFKNVSNVSPFDGPQYHIAPKWAFTLQAIFMGMVFLIGTPLNFIVLLVTIKYKKLRQPLNYILVNITVGGFLMCIFSIFPVFVSSSQGYFFFGRIACSIDAFVGTLTGLVTGWSLAFLAFERYIVICKPMGNFNFSSSHALAVVICTWIIGIVVSVPPFLGWSRYMPEGLQCSCGPDWYTVGTKYRSEYYTWFIFIFCFVIPLSLICFSYGRLLGALRAVAAQQQESASTQKAEREVSRMVIFMVGSFCLCYVPYAAMAMYMVTNRNHGLDLRLVTIPAFFSKSSCVYNPIIYSFMNKQFRGCIMETVCGRPMSDDSSVSSTSQRTEVSTVSSSQVSPA
>Gallus_blue_ops MHPPRPTTDLPEDFYIPMALDAPNITALSPFLVPQTHLGSPGLFRAMAAFMFLLIALGVPINTLTIFCTARFRKLRSHLNYILVNLALANLLVILVGSTTACYSFSQMYFALGPTACKIEGFAATLGGMVSLWSLAVVAFERFLVICKPLGNFTFRGSHAVLGCVATWVLGFVASAPPLFGWSRYIPEGLQCSCGPDWYTTDNKWHNESYVLFLFTFCFGVPLAIIVFSYGRLLITLRAVARQQEQSATTQKADREVTKMVVVMVLGFLVCWAPYTAFALWVVTHRGRSFEVGLASIPSVFSKSSTVYNPVIYVLMNKQFRSCMLKLLFCGRSPFGDDEDVSGSSQATQVSSVSSSHVAPA
>Danio_LWops MAEHWGDAIYAARRKGDETTREAMFTYTNSNNTKDPFEGPNYHIAPRWVYNVATVWMFFVVVASTFTNGLVLVATAKFKKLRHPLNWILVNLAIADLGETLFASTISVINQFFGYFILGHPMCIFEGYTVSVCGIAALWSLTVISWERWVVVCKPFGNVKFDAKWASAGIIFSWVWAAAWCAPPIFGWSRYWPHGLKTSCGPDVFSGSEDPGVQSYMVVLMITCCIIPLAIIILCYIAVYLAIHAVAQQQKDSESTQKAEKEVSRMVVVMIFAYCFCWGPYTFFACFAAANPGYAFHPLAAAMPAYFAKSATIYNPVIYVFMNRQFRVCIMQLFGKKVDDGSEVSTSKTEVSSVAPA
>Danio_SWops MDAWAVQFGNASKVSPFEGEQYHIAPKWAFYLQAAFMGFVFIVGTPMNGIVLFVTMKYKKLRQPLNYILVNISLAGFIFDTFSVSQVSVCAARGYYSLGYTLCSMEAAMGSIAGLVTGWSLAVLAFERYVVICKPFGSFKFGQGQAVGAVVFTWIIGTACATPPFFGWSRYIPEGLGTACGPDWYTKSEEYNSESYTYFLLITCFMMPMTIIIFSYSQLLGALRAVAAQQAESESTQKAEREVSRMVVVMVGSFVLCYAPYAVTAMYFANSDEPNKDYRLVAIPAFFSKSSSVYNPLIYAFMNKQFNACIMETVFGKKIDESSEVSSKTETSSVSA
>Homo_MWops MAQQWSLQRLAGRHPQDSYEDSTQSSIFTYTNSNSTRGPFEGPNYHIAPRWVYHLTSVWMIFVVIASVFTNGLVLAATMKFKKLRHPLNWILVNLAVADLAETVIASTISVVNQVYGYFVLGHPMCVLEGYTVSLCGITGLWSLAIISWERWMVVCKPFGNVRFDAKLAIVGIAFSWIWAAVWTAPPIFGWSRYWPHGLKTSCGPDVFSGSSYPGVQSYMIVLMVTCCITPLSIIVLCYLQVWLAIRAVAKQQKESESTQKAEKEVTRMVVVMVLAFCFCWGPYAFFACFAAANPGYPFHPLMAALPAFFAKSATIYNPVIYVFMNRQFRNCILQLFGKKVDDGSELSSASKTEVSSVSSVSPA
>Danio_mel_rec1A MFMNGSSLNSSALDPSEQALQRPPWVTTTLGCFLIFTIVVDILGNLLVIFSVYRNKKLQNAGNIFVVSLAVADLVVAIYPYPLVLTSIFHRGWNLGYMHCQISGFLMGVSVIGSIFNITGIAINCYCYICHSLKYDKLYSDKNSVCYVLLIWALTVLAIVPNLFVGSLQYDPRVYSCTFEQSASSAYTIAVVFFHFILPIMIVTYCYLRIWVLVIQVRRRVKPDNRPKITPHDVRNFVTMFVVFVLFAVCWAPLNFIGLAVAISPERVVPLIPEWLFVASYFMAYFNSCLNAIVYGVLNQNFRREYKRIVVSVCTARIFFGESSNEAQERLKSKPSPLMTNNNQVKVDSV
MUSCLE
1. Zkopírujte a vložte všechny aminokyselinové sekvence (včetně názvu a znaménka “>”) najednou do políčka vstupních sekvencí (viz níže). Případně můžete nahrát FASTA soubor, který obsahuje dané sekvence, přímo z vašeho počítače.
2. Jako výstupní formát (Output format) vyberte ClustalX.
3. Klikněte na tlačítko “Submit”.
4. Po chvilce je vytvořeno mnohočetné přiřazení všech opsinových sekvencí. Výsledky si můžete prohlédnout v záložce “Alignment”, pro lepší zobrazení doporučujeme kliknout na “Show colors”.
5. Pro pokročilejší analýzu musíme použít program JalView, s jehož pomocí můžeme mnohočetné přiřazení editovat. Klikněte pravým tlačítkem “Results Summary” a otevřete je v další záložce internetového prohlížeče (“Open Link in New Tab”). V této nové záložce prohlížeče pak otevřete alignment pomocí “JalView”. (Otevření nové záložky prohlížeče jsme dělali proto, aby okno JalView zůstalo otevřené nezávisle na dalších krocích. S dalšími kroky úlohy můžete pokračovat v původní záložce prohlížeče).
6. Ujistěte se, že váš alignment obsahuje všech 24 sekvencí (případně můžete i roztáhnout okno JalView do výšky za pravý dolní roh).
V okně JalView můžete vybrat různá kritéria pro zvýraznění mnohočetného přiřazení (vše najdete pod záložkou “Colour”). Můžete např. zvolit barevné zvýraznění podle procent identity či na základě hydrofobicity aminokyselin.
7. Dole v okně JalView jsou zobrazena skóre mnohočetného přiřazení v podobě sloupců odrážejících totožnost/podobnost. Pozorujete nějaké zvláštnosti či nápadné vzorce? Pokuste se odpovědět na otázky v záložce “Otázky”.
Pozor: nezavírejte okno JalView po skončení této části úlohy, jelikož jej budeme ještě potřebovat.
Otázky
1. Co můžete usoudit z vašeho mnohočetného přiřazení?
2. Pozorujete nějaké úseky sekvencí, které jsou si podobnější než jiné. Jestli ano, kolik? Jaké biochemické povahy jsou tyto více podobné (konzervované) úseky (jsou spíše zásadité, kyselé, hydrofobní či hodrofilní…?)
3. Naleznete nějaké vysoce konzervované (přítomné v drtivé většině) aminokyselinové zbytky či krátké motivy přítomné ve všech opsinových sekvencích? Pozor, jedna ze sekvencí – “Danio_mel_rec1A” – není opsin, nýbrž pouze jemu evolučně blízká molekula, kterou máme v alignmentu jen pro pozdější účely. Pro tento bod úlohy ji proto prosím ignorujte.
Activity navigation
Share:
