Úvod

Ve finální části využijeme databázi Protein Data Bank Europe (PDBe) k zobrazení interaktivních trojdimenzionálních struktur proteinu GFP a práci s těmito strukturami.

Váš úkol

Pokračujte jak popsáno níže:

1. Klikněte na tabulátor “PDBe”.
2. Hledejte  Green Fluorescent Protein, GFP, nebo 1GFL.
3. Následujte instrukce v tabulátoru “PDBe” a pokuste se zodpovědět otázky.

PDBe

1. Otevřete odkaz v novém okně prohlížeče: https://www.ebi.ac.uk/pdbe/
2. V databázi PDBe zadejte do hledacího okna buď  Green Fluorescent Protein, GFP, nebo 1GFL a zmáčkněte tlačítko “Search/hledat”.
3. Nyní se Vám zobrazují informace o všech GFP proteinech v databázi PDBe. Pokud kliknete na jeden z obrázků proteinových struktur, otevřete interaktivní prohlížeč 3D struktur. Otevření vyžaduje nainstalovanou Javu a můžete být požádání o povolení Javu využít (alternativně můžete kliknout na ” View in 3D/zobraze v 3D a vyberte “Astex Viewer”) . Nyní se díváte na 3D strukturu GFP proteinu ve stuhovém zobrazení. Kursor můžete použít k rotaci se strukturou. Další vlastnosti (barvu, typ zobrazení) můžete měnit díky menu v levé části nebo kliknutím pravým tlačítkem na myši na obrázek.

Otázky

Pohrajte se s 3D strukturou GFP proteinu a zodpovězte následující otázky:

• Jaký tvar má GFP molekula?
• Vidíte ve struktuře chromofor?
• Jaký vliv mohou mít mutace na funci GFP proteinu?

Navigace aktivity

Honba za pokladem – GFP

• Honba za pokladem – GFP – úvod
• Krok 1: Vyhledávání v databázi
• Krok 2: Porovnání nukleotidových sekvencí
• Krok 3: Překlad mRNA
• Krok 4: Srovnání aminokyselinových sekvencí
• Krok 5: Struktura proteinu GFP