English
Čeština
Français
Italiano
Μέρος 2ο: Πολλαπλή ευθυγράμμιση πρωτεϊνικών αλληλουχιών
Overview
Πολύ καλά! Στην πρώτο μέρος της εργασίας πιθανότατα ανακάλυψες ότι η άγνωστη πρωτεΐνη ήταν η βόεια ροδοψίνη – το φωτοευαίσθητο μόριο που υπάρχει τον αμφιβληστροειδή. Στη συνέχεια, θέλουμε να μάθουμε περισσότερα για τις πρωτεΐνες αυτής της οικογένειας μακρομορίων και να διαπιστώσουμε αν η Βιοπληροφορική μπορεί να μας βοηθήσει να ανακαλύψουμε πληροφορίες σχετικές με τη βιοχημεία τους και την εξέλιξή τους.
Για αυτό το σκοπό, θα κατασκευάσουμε μια πολλαπλή ευθυγράμμιση αλληλουχιών. Αυτό σημαίνει ότι θα χρησιμοποιήσουμε πολλές αλληλουχίες αμινοξέων (τις οποίες θα μπορούσαμε, για παράδειγμα, να λάβουμε μέσω της χρήσης πληροφοριών από τα αποτελέσματα του εργαλείου BLAST) και να τις ευθυγραμμίσουμε με τέτοιον τρόπο ώστε τα όμοια αμινοξικά κατάλοιπα να τοποθετούνται το ένα κάτω από το άλλο.
Μπορείς να βρεις μια σειρά από έτοιμες αλληλουχίες στο πεδίο “Αλληλουχίες”. Η πρώτη είναι η Βόεια ροδοψίνη με την οποία δούλεψες στο 1ο μέρος. Θα χρησιμοποιήσουμε το εργαλείο πολλαπλής ευθυγράμμισης αλληλουχιών του EMBL-EBI MUSCLE, για να δημιουργήσουμε μια πολλαπλή ευθυγράμμιση αλληλουχιών.
Η εργασία σου
προχώρησε όπως περιγράφεται παρακάτω:
1. Χρησιμοποιώντας τις αλληλουχίες του αντίστοιχου πεδίου, ευθυγράμμισε τις 24 διαφορετικές οψίνες που διατίθενται για σύγκριση, με τη χρήση του εργαλείου πολλαπλής ευθυγράμμισης αλληλουχιών MUSCLE.
2. Ακολούθησε τις οδηγίες στο πεδίο “MUSCLE” και προσπάθησε να απαντήσεις τις ερωτήσεις στο αντίστοιχο πεδίο.
Αλληλουχίες
Οι αλληλουχίες σου:
>Bos_rho MNGTEGPNFYVPFSNKTGVVRSPFEAPQYYLAEPWQFSMLAAYMFLLIMLGFPINFLTLYVTVQHKKLRTPLNYILLNLAVADLFMVFGGFTTTLYTSLHGYFVFGPTGCNLEGFFATLGGEIALWSLVVLAIERYVVVCKPMSNFRFGENHAIMGVAFTWVMALACAAPPLVGWSRYIPEGMQCSCGIDYYTPHEETNNESFVIYMFVVHFIIPLIVIFFCYGQLVFTVKEAAAQQQESATTQKAEKEVTRMVIIMVIAFLICWLPYAGVAFYIFTHQGSDFGPIFMTIPAFFAKTSAVYNPVIYIMMNKQFRNCMVTTLCCGKNPLGDDEASTTVSKTETSQVAPA
>Homo_rho MNGTEGPNFYVPFSNATGVVRSPFEYPQYYLAEPWQFSMLAAYMFLLIVLGFPINFLTLYVTVQHKKLRTPLNYILLNLAVADLFMVLGGFTSTLYTSLHGYFVFGPTGCNLEGFFATLGGEIALWSLVVLAIERYVVVCKPMSNFRFGENHAIMGVAFTWVMALACAAPPLAGWSRYIPEGLQCSCGIDYYTLKPEVNNESFVIYMFVVHFTIPMIIIFFCYGQLVFTVKEAAAQQQESATTQKAEKEVTRMVIIMVIAFLICWVPYASVAFYIFTHQGSNFGPIFMTIPAFFAKSAAIYNPVIYIMMNKQFRNCMLTTICCGKNPLGDDEASATVSKTETSQVAPA
>Homo_melan MNPPSGPRVPPSPTQEPSCMATPAPPSWWDSSQSSISSLGRLPSISPTAPGTWAAAWVPLPTVDVPDHAHYTLGTVILLVGLTGMLGNLTVIYTFCRSRSLRTPANMFIINLAVSDFLMSFTQAPVFFTSSLYKQWLFGETGCEFYAFCGALFGISSMITLTAIALDRYLVITRPLATFGVASKRRAAFVLLGVWLYALAWSLPPFFGWSAYVPEGLLTSCSWDYMSFTPAVRAYTMLLCCFVFFLPLLIIIYCYIFIFRAIRETGRALQTFGACKGNGESLWQRQRLQSECKMAKIMLLVILLFVLSWAPYSAVALVAFAGYAHVLTPYMSSVPAVIAKASAIHNPIIYAITHPKYRVAIAQHLPCLGVLLGVSRRHSRPYPSYRSTHRSTLTSHTSNLSWISIRRRQESLGSESEVGWTHMEAAAVWGAAQQANGRSLYGQGLEDLEAKAPPRPQGHEAETPGKTKGLIPSQDPRM
>Octopus_rho MVESTTLVNQTWWYNPTVDIHPHWAKFDPIPDAVYYSVGIFIGVVGIIGILGNGVVIYLFSKTKSLQTPANMFIINLAMSDLSFSAINGFPLKTISAFMKKWIFGKVACQLYGLLGGIFGFMSINTMAMISIDRYNVIGRPMAASKKMSHRRAFLMIIFVWMWSIVWSVGPVFNWGAYVPEGILTSCSFDYLSTDPSTRSFILCMYFCGFMLPIIIIAFCYFNIVMSVSNHEKEMAAMAKRLNAKELRKAQAGASAEMKLAKISMVIITQFMLSWSPYAIIALLAQFGPAEWVTPYAAELPVLFAKASAIHNPIVYSVSHPKFREAIQTTFPWLLTCCQFDEKECEDANDAEEEVVASERGGESRDAAQMKEMMAMMQKMQAQQAAYQPPPPPQGYPPQGYPPQGAYPPPQGYPPQGYPPQGYPPQGYPPQGAPPQVEAPQGAPPQGVDNQAYQA
>Mizuhopecten_Gqops MADNKSTLPGLPDINGTLNRSMTPNTGWEGPYDMSVHLHWTQFPPVTEEWHYIIGVYITIVGLLGIMGNTTVVYIFSNTKSLRSPSNLFVVNLAVSDLIFSAVNGFPLLTVSSFHQKWIFGSLFCQLYGFVGGVFGLMSINTLTAISIDRYVVITKPLQASQTMTRRKVHLMIVIVWVLSILLSIPPFFGWGAYIPEGFQTSCTFDYLTKTARTRTYIVVLYLFGFLIPLIIIGVCYVLIIRGVRRHDQKMLTITRSMKTEDARANNKRARSELRISKIAMTVTCLFIISWSPYAIIALIAQFGPAHWITPLVSELPMMLAKSSSMHNPVVYALSHPKFRKALYQRVPWLFCCCKPKEKADFRTSVCSKRSVTRTESVNSDVSSVISNLSDSTTTLGLTSEGATRANRETSFRRSVSIIKGDEDPCTHPDTFLLAYKEVEVGNLFDMTDDQNRRDSNLHSLYIPTRVQHRPTTQSLGTTPGGVYIVDNGQRVNGLTFNS
>Drosophila_rh6 MASLHPPSFAYMRDGRNLSLAESVPAEIMHMVDPYWYQWPPLEPMWFGIIGFVIAILGTMSLAGNFIVMYIFTSSKGLRTPSNMFVVNLAFSDFMMMFTMFPPVVLNGFYGTWIMGPFLCELYGMFGSLFGCVSIWSMTLIAYDRYCVIVKGMARKPLTATAAVLRLMVVWTICGAWALMPLFGWNRYVPEGNMTACGTDYFAKDWWNRSYIIVYSLWVYLTPLLTIIFSYWHIMKAVAAHEKAMREQAKKMNVASLRNSEADKSKAIEIKLAKVALTTISLWFFAWTPYTIINYAGIFESMHLSPLSTICGSVFAKANAVCNPIVYGLSHPKYKQVLREKMPCLACGKDDLTSDSRTQATAEISESQA
>Drosophila_rh2 MERSHLPETPFDLAHSGPRFQAQSSGNGSVLDNVLPDMAHLVNPYWSRFAPMDPMMSKILGLFTLAIMIISCCGNGVVVYIFGGTKSLRTPANLLVLNLAFSDFCMMASQSPVMIINFYYETWVLGPLWCDIYAGCGSLFGCVSIWSMCMIAFDRYNVIVKGINGTPMTIKTSIMKILFIWMMAVFWTVMPLIGWSAYVPEGNLTACSIDYMTRMWNPRSYLITYSLFVYYTPLFLICYSYWFIIAAVAAHEKAMREQAKKMNVKSLRSSEDCDKSAEGKLAKVALTTISLWFMAWTPYLVICYFGLFKIDGLTPLTTIWGATFAKTSAVYNPIVYGISHPKYRIVLKEKCPMCVFGNTDEPKPDAPASDTETTSEADSKA
>Xenopus_melanops MDLGKTVEYGTHRQDAIAQIDVPDQVLYTIGSFILIIGSVGIIGNMLVLYAFYRNKKLRTAPNYFIINLAISDFLMSATQAPVCFLSSLHREWILGDIGCNVYAFCGALFGITSMMTLLAISINRYIVITKPLQSIQWSSKKRTSQIIVLVWMYSLMWSLAPLLGWSSYVPEGLRISCTWDYVTSTMSNRSYTMMLCCCVFFIPLIVISHCYLFMFLAIRSTGRNVQKLGSYGRQSFLSQSMKNEWKMAKIAFVIIIVFVLSWSPYACVTLIAWAGHGKSLTPYSKTVPAVIAKASAIYNPIIYGIIHPKYRETIHKTVPCLRFLIREPKKDIFESSVRGSIYGRQSASRKKNSFISTVSTAETVSSHIWDNTPNGHWDRKSLSQTMSNLCSPLLQDPNSSHTLEQTLTWPDDPSPKEILLPSSLKSVTYPIGLESIVKDEHTNNSCVRNHRVDKSGGLDWIINATLPRIVIIPTSESNISETKEEHDNNSEEKSKRTEEEEDFFNFHVDTSLLNLEGLNSSTDLYEVVERFLS
>Platynereis_rops MSRSEVLVPGSMSLDGLLTTAHPIGNDSIETILHPYWQQFDIENTIPDSWHYAVAAWMTFFGILGVSGNLLVVWTFLKTKSLRTAPNMLLVNLAIGDMAFSAINGFPLLTISSINKRWVWGKLWRELYAFVGGIFGLMSINTLAWIAIDRFYVITNPLGAAQTMTKKRAFIILTIIWANASLWALAPFFGWGAYIPEGFQTSCTYDYLTQDMNNYTYVLGMYLFGFIFPVAIIFFCYLGIVRAIFAHHAEMMATAKRMGANTGKADADKKSEIQIAKVAAMTIGTFMLSWTPYAVVGVFGMIKPHSEMFIHPLLAEIPVMMAKASARYNPIIYALSHPKFRAEIDKHFPWLLCCCKPKPKAQLPSSTTKGSIASKTEADTSV
>Danio_melanops MSHHSSWRGHHCAPGDINCTAGFKESLGSRNYKLLHVPVHGPTHSHHHDPPHPFPTVDVPDHAHYIIGSVILIVGITGVIGNALVVYVFCRSRTLRTAGNMFIVNLAVADFLMSVTQSPVFFAASLHRRWVFGERPCELYAFCGALFGICSMMTLTAIAADRCLAITQPLALVSRVSRRKAGAVFVVVWLYSLGWSLPPFFGWSAYVPEGLQTSCSWDYMTFTPSVRAYTILLFVFVFFIPLGIIGSCYFAIFQTIRAAGKEIRELDCGETHKVYERMQNEWKMAKVALVVILLFIISWSPYSVVALTATAGYSHFLTPYMNSVPAVIAKASAIHNPIIYAITHPKYRVAIARYIPVLRPILRVKEKDLRSSFSSGSVSSRRPTLTSHQCSLGVSMGNAARANGRWGKTRLSSASDSDSCWTESEADGSSVSSLTFGRRVSTEISTDTVILSPGSSVSNASGQKSERAHKVVSVPVPSITFETDAADGESLSDGKALLGGN
>Sepia_rho MGRDIPDNETWWYNPTMEVHPHWKQFNQVPDAVYYSLGIFIGICGIIGCTGNGIVIYLFTKTKSLQTPANMFIINLAFSDFTFSLVNGFPLMTISCFIKKWVFGMAACKVYGFIGGIFGLMSIMTMSMISIDRYNVIGRPMAASKKMSHRRAFLMIIFVWMWSTLWSIGPIFGWGAYVLEGVLCNCSFDYITRDSATRSNIVCMYIFAFCFPILIIFFCYFNIVMAVSNHEKEMAAMAKRLNAKELRKAQAGASAEMKLAKISIVIVTQFLLSWSPYAVVALLAQFGPIEWVTPYAAQLPVMFAKASAIHNPLIYSVSHPKFREAIAENFPWIITCCQFDEKEVEDDKDAETEIPATEQSGGESADAAQMKEMMAMMQKMQQQQAAYPPQGAYPPQGGYPPQGYPPPPAQGGYPPQGYPPPPQGYPPAQGYPPQGYPPPQGAPPQGAPPQAAPPQGVDNQAYQA
>Takifugu_TMT MIVSNVSLSGCAGVNGAVCAAEGHQAGGSDRSTLTPTGNLVVSVFLGFIGTFGLVNNLLVLVLFCRYKMLRSPINLLLMNISISDLLVCVLGTPFSFAASTQGRWLIGEAGCVWYGFANSLFGVVSLISLAVLSFERYSTMMTPTEADPSNYCKVCLGITLSWVYSLVWTVPPLFGWSSYGPEGPGTTCSVNWTAKTTNSISYIICLFVFCLIVPFLVIVFCYGKLLCAIRQVSGINASTSRKREQRVLCMVVIMVICYLLCWLPYGVVALLATFGPPDLVTPEASIIPSVLAKSSTVINPIIYVFMNKQFYRCFLALLCCQDPRSGSSMKSSSKVATKAKGVTPTGQRRTDLLYMVASLGRPAATIPQLGPSFDATNDFTKPPSSDTIKPVVVSLAAHCDG
>Gallus_LWops MSSNSSQAPPNGTPGPFDGPQWPYQAPQSTYVGVAVLMGTVVACASVVNGLVIVVSICYKKLRSPLNYILVNLAVADLLVTLCGSSVSLSNNINGFFVFGRRMCELEGFMVSLTGIVGLWSLAILALERYVVVCRPLGDFQFQRRHAVSGCAFTWGWALLWSTPPLLGWSSYVPEGLRTSCGPNWYTGGSNNNSYILSLFVTCFVLPLSLILFSYTNLLLTLRAAAAQQKEADTTQRAEREVTRMVIVMVMAFLLCWLPYSTFALVVATHKGIIIQPVLASLPSYFSKTATVYNPIIYVFMNKQFQSCLLEMLCCGYQPQRTGKASPGTPGPHADVTAAGLRNKVMPAHPV
>Xenopus_Parietops MDGNSTTPGIAVNLTVMPTIFPRSGYSILSFLMFLNAVFSICNNAIVILVTLKHPQLRNPINIFILNLSFSDLMMALCGTTIVVSTNYHGYFYLGKQFCIFQGFAVNYFGIVSLWSLTLLAYERYNVVCEPIGALKLSTKRGYQGLVFIWLFCLFWAIAPLFGWSSYGPEGVQTSCSIGWEERSWSNYSYIISYFLTCFIIPVGIIGFSYGSILRSLHQLNRKIEQQGGKTNPREEKRVVIMVLFMVLAFLICWLPYTVFALIVVINPQLYISPLAATLPTYFAKTSPVYNPIIYIFLNKQFRTYAVQCLTCGHINLDSLEEDTESVSAQAENMLTPKTNQVAPA
>Danio_MW4 MNGTEGNNFYIPLSNRTGLARSPYEYPQYYLAEPWQFKLLAVYMFFLICLGFPINGLTLLVTAQHKKLRQPLNFILVNLAVAGTIMVCFGFTVTFYTAINGYFVLGPTGCAIEGFMATLGGEVALWSLVVLAVERYIVVCKPMGSFKFSASHAFAGCAFTWVMAMACAAPPLVGWPRYIPEGMQCSCGPDYYTLNPEYNNESYVLYMFICHFILPVTIIFFTYGRLVCTVKAAAAQQQESESTQKAEREVTRMVILMVLGFLIAWTPYATVAAWIFFNKGAAFSAQFMAVPAFFSKTSALYNPVIYVLLNKQFRNCMLTTLFCGKNPLGDDESSTVSTSKTEVSSVSPA
>Danio_extraocular MNGTEGPNFYVPMSNRTGLVRSPFEEPQYYLAEPWQFSLLAAYMLFLILGSFPINALTLYVTVQHKKLRTPLNYILLNLAVADLFMVLGGFTVTLYTALHGYFLLGVTGCNIEGFFATLGGEIALWSLVVLAIERYIVVCKPMSTFRFGEKHAIIGVGFTWVMALTCAVPPLLGWSRYIPEGMQCSCGIDYYTPKPEVHNTSFVIYMFILHFSIPLLIIFFCYSRLLCTVRAAAAQQQESETTQRAEREVTRMVVVMVIAFLVCWVPYASVAWYIFANQGAEFGPVFMTVPAFFAKSAALYNPVIYIMLNRQFRNCMLSTVCCGKNPLAEDESSSAVSSKTQSSVVSSAQVSPA
>Latimeria_Rh2 MNGTEGMNFYVPLSNRTGLVRSPFEYTQYYLAEPWKFSVLCAYMFLLIILGFPINFLTLLVTFKHKKLRQPLNYILVNLAVASLFMVVFGFTVTFYSSLNGYFVLGPMGCAMEGFFATLGGQVALWSLVVLAIERYIVVCKPMGNFRFASSHAIMGIAFTWIMALACAAPPLVGWSRYIPEGLQCSCGPDYYTLNPDFHNESYVMYLFLVHFLLPIIIIFFTYGRLICKVKEAAAQQQESASTQKAEKEVTRMVILMVIGFLTAWVPYASAAFWIFCNRGAEFTATLMTVPAFFSKSSCLFNPIIYVLLNKQFRNCMITTLCCGKNPLGDDDTSSAVSQSKTDVSSVSSSQVSPA
>Xenopus_green_ops MSKGRPDLRMEMPDEFYVPIPLETTNISSLSPFLVPQTHLGTPGIFMSISAFMLFTIIFGFPLNLLTIICTVKYKKLRSHLNYILVNLAVANLIVICFGSTTAFYSFSQMYFSLGTLACKIEGFTATLGGIIGLWSLAVVAFERFLVICKPMGNFTFRESHAVLGCILTWVIGLVAAIPPLLGWSRYIPEGLQCSCGPDWYTVNNKWNNESYVLFLFCFCFGFPLAIIVFSYGRLLLALHAVAKQQEQSATTQKAEREVTRMVIVMVVGFLVCWLPYASFALWAVTHRGELFDLRMSSVPSVFSKASTVYNPFIYIFMNRQFRSCMMKMIFCGKNPLGDDEETSVSGSTQVSSVSSSQIAPS
>Xenopus_violet_ops MLEEEDFYLFKNVSNVSPFDGPQYHIAPKWAFTLQAIFMGMVFLIGTPLNFIVLLVTIKYKKLRQPLNYILVNITVGGFLMCIFSIFPVFVSSSQGYFFFGRIACSIDAFVGTLTGLVTGWSLAFLAFERYIVICKPMGNFNFSSSHALAVVICTWIIGIVVSVPPFLGWSRYMPEGLQCSCGPDWYTVGTKYRSEYYTWFIFIFCFVIPLSLICFSYGRLLGALRAVAAQQQESASTQKAEREVSRMVIFMVGSFCLCYVPYAAMAMYMVTNRNHGLDLRLVTIPAFFSKSSCVYNPIIYSFMNKQFRGCIMETVCGRPMSDDSSVSSTSQRTEVSTVSSSQVSPA
>Gallus_blue_ops MHPPRPTTDLPEDFYIPMALDAPNITALSPFLVPQTHLGSPGLFRAMAAFMFLLIALGVPINTLTIFCTARFRKLRSHLNYILVNLALANLLVILVGSTTACYSFSQMYFALGPTACKIEGFAATLGGMVSLWSLAVVAFERFLVICKPLGNFTFRGSHAVLGCVATWVLGFVASAPPLFGWSRYIPEGLQCSCGPDWYTTDNKWHNESYVLFLFTFCFGVPLAIIVFSYGRLLITLRAVARQQEQSATTQKADREVTKMVVVMVLGFLVCWAPYTAFALWVVTHRGRSFEVGLASIPSVFSKSSTVYNPVIYVLMNKQFRSCMLKLLFCGRSPFGDDEDVSGSSQATQVSSVSSSHVAPA
>Danio_LWops MAEHWGDAIYAARRKGDETTREAMFTYTNSNNTKDPFEGPNYHIAPRWVYNVATVWMFFVVVASTFTNGLVLVATAKFKKLRHPLNWILVNLAIADLGETLFASTISVINQFFGYFILGHPMCIFEGYTVSVCGIAALWSLTVISWERWVVVCKPFGNVKFDAKWASAGIIFSWVWAAAWCAPPIFGWSRYWPHGLKTSCGPDVFSGSEDPGVQSYMVVLMITCCIIPLAIIILCYIAVYLAIHAVAQQQKDSESTQKAEKEVSRMVVVMIFAYCFCWGPYTFFACFAAANPGYAFHPLAAAMPAYFAKSATIYNPVIYVFMNRQFRVCIMQLFGKKVDDGSEVSTSKTEVSSVAPA
>Danio_SWops MDAWAVQFGNASKVSPFEGEQYHIAPKWAFYLQAAFMGFVFIVGTPMNGIVLFVTMKYKKLRQPLNYILVNISLAGFIFDTFSVSQVSVCAARGYYSLGYTLCSMEAAMGSIAGLVTGWSLAVLAFERYVVICKPFGSFKFGQGQAVGAVVFTWIIGTACATPPFFGWSRYIPEGLGTACGPDWYTKSEEYNSESYTYFLLITCFMMPMTIIIFSYSQLLGALRAVAAQQAESESTQKAEREVSRMVVVMVGSFVLCYAPYAVTAMYFANSDEPNKDYRLVAIPAFFSKSSSVYNPLIYAFMNKQFNACIMETVFGKKIDESSEVSSKTETSSVSA
>Homo_MWops MAQQWSLQRLAGRHPQDSYEDSTQSSIFTYTNSNSTRGPFEGPNYHIAPRWVYHLTSVWMIFVVIASVFTNGLVLAATMKFKKLRHPLNWILVNLAVADLAETVIASTISVVNQVYGYFVLGHPMCVLEGYTVSLCGITGLWSLAIISWERWMVVCKPFGNVRFDAKLAIVGIAFSWIWAAVWTAPPIFGWSRYWPHGLKTSCGPDVFSGSSYPGVQSYMIVLMVTCCITPLSIIVLCYLQVWLAIRAVAKQQKESESTQKAEKEVTRMVVVMVLAFCFCWGPYAFFACFAAANPGYPFHPLMAALPAFFAKSATIYNPVIYVFMNRQFRNCILQLFGKKVDDGSELSSASKTEVSSVSSVSPA
>Danio_mel_rec1A MFMNGSSLNSSALDPSEQALQRPPWVTTTLGCFLIFTIVVDILGNLLVIFSVYRNKKLQNAGNIFVVSLAVADLVVAIYPYPLVLTSIFHRGWNLGYMHCQISGFLMGVSVIGSIFNITGIAINCYCYICHSLKYDKLYSDKNSVCYVLLIWALTVLAIVPNLFVGSLQYDPRVYSCTFEQSASSAYTIAVVFFHFILPIMIVTYCYLRIWVLVIQVRRRVKPDNRPKITPHDVRNFVTMFVVFVLFAVCWAPLNFIGLAVAISPERVVPLIPEWLFVASYFMAYFNSCLNAIVYGVLNQNFRREYKRIVVSVCTARIFFGESSNEAQERLKSKPSPLMTNNNQVKVDSV
MUSCLE
1. Επικόλλησε όλες τις αλληλουχίες αμινοξέων (συμπεριλαμβανομένου του συμβόλου > και των τίτλων των αλληλουχιών) μαζί στο κατάλληλο πεδίο εισαγωγής που βρίσκεται παρακάτω. (Εναλλακτικά, ανέβασε το αρχείο FASTA file το οποίο περιέχει τις αλληλουχίες από τον υπολογιστή σου.)
2. Επίλεξε ClustalW ως output format.
3. Κάνε υποβολή των αλληλουχιών για ευθυγράμμιση.
4. Οι πολλαπλές αλληλουχίες των οψινών έχουν τώρα ευθυγραμμιστεί. Μπορείς να δεις τα αποτελέσματα στο πεδίο “Ευθυγράμμιση” και για καλύτερη απεικόνιση κάνε κλικ στο “Show Colors”.
5. Για να πραγματοποιήσεις πιο προηγμένη ανάλυση, θα χρησιμοποιήσεις το πρόγραμμα JalView για να ελέγξεις και να επεξεργαστείς την ευθυγράμμιση. Για να το πραγματοποιήσεις αυτό, κάνε δεξί κλικ στο πεδίο “Results Summary” και άνοιξε το σε νέα σελίδα στο φυλλομετρητή σου (“Open Link in New Tab”). Στη νέα σελίδα άνοιξε την ευθυγράμμιση χρησιμοποιώντας το “JalView”. Πρόσεξε ότι η νέα σελίδα χρειάζεται μόνο για να παραμείνει σε λειτουργία το JalView κατά τη διάρκεια της δραστηριότητας. Όλα τα επόμενα βήματα της δραστηριότητας μπορούν να πραγματοποιηθούν στην αρχική σελίδα που χρησιμοποίησες.
6. Βεβαιώσου ότι μπορείς να δεις και τις 24 αλληλουχίες τη μια κάτω από την άλλη με το να μεγαλώσεις το ύψος του παραθύρου (χρησιμοποίησε τον κέρσορα του ποντικιού σου για να το κάνεις αυτό).
Στο JalView μπορείς να επιλέξεις διαφορετικά χρωματικά κριτήρια για την ευθυγράμμισή σου (πήγαινε στο “Colour” για να τα επιλέξεις). Για παράδειγμα, μπορείς να επιλέξεις χρωματισμό που να βασίζεται στην επί τοις εκατό ομοιότητα ή στην υδροφοβικότητα των διαφορετικών αμινοξικών καταλοίπων.
7. Στο κάτω μέρος του παραθύρου του JalView, θα δεις τα score της ευθυγράμμισης τα οποία απεικονίζονται με ράβδους αλληλουχικής ταυτότητας/ομοιότητας. Μπορείς να εντοπίσεις κάτι το ασυνήθιστο; Προσπάθησε να απαντήσεις τις ερωτήσεις στο αντίστοιχο πεδίο.
Note: Μην κλείσεις το παράθυρο JalView όταν τελειώσεις αυτό το μέρος της δραστηριότητας, θα το χρειαστείς και στην επόμενη άσκηση.
Ερωτήσεις
1. Τι συμπεραίνεις από την ευθυγράμμιση των αλληλουχιών;
2. Υπάρχουν περιοχές στις αλληλουχίες που είναι περισσότερο διατηρημένες από άλλες; Αν, ναι πόσες τέτοιες μπορείς να εντοπίσεις; Ποια είναι η βιοχημική φύση τους; (είναι περισσότερο βασικές, όξινες, υδρόφοβες ή υδρόφιλες;)
3. Υπάρχουν καθόλου συντηρημένα αμινοξέα ή μικρά μοτίβα τα οποία να εντοπίζονται σε όλες τις αλληλουχίες; Πρόσεξε, μια από τις αλληλουχίες “Danio_mel_rec1A” – δεν είναι οψίνη αλλά ένα εξελικτικά συγγενικό μόριο (που θα μας χρειαστεί για το επόμενο μέρος της δραστηριότητας).
Activity navigation
Share:
