Introduction

Den här skattjakten designades för att introducera deltagare till olika metoder inom bioinformatik, vilka kan användas för att identifiera och analysera DNA och proteinsekvenser. I aktiviteten ska vi analysera DNA och aminosyrasekvenser från Grön Fluorescerande Protein (GFP) och närbesläktade molekyler genom att använda olika webb-baserade databaser och analysredskap (tools). Biologiska data – t.ex., DNA och proteinsekvenser eller strukturinformation – lagras och organiseras i databaser vilka är tillgängliga för vetenskapsmän. Då merparten av data produceras med allmänna medel är de också fritt tillgängliga. På samma sätt är verktyg (tools) för bioinformatik, som designats av vetenskapsmän, finansierade genom allmänna medel och därför fritt tillgängliga för såväl andra vetenskapsmän som allmänheten. I den här aktiviteten ska vi använda sådana bioinformatik databaser och verktyg för vår analys.

Tekniska krav

Astex Viewer kräver att Java är installerad på din dator och aktiverad i din webläsare. Java kan installeras gratis via java.com. Information om hur Java aktiveras i din webläsare kan hittas här.

Bioinformatikverktyg

ENA (European Nucleotide Archive) https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/sequence-search

Databas som erhåller ett omfattande register av världens nukleotidsekvens-information, och täcker råsekvensdata, sekvenssamling-information (assembly) och funktionella kommentarer (annotation). ENA består av ett antal distinkta databaser som inkluderar EMBL-Bank, Sequence Read Archive (SRA) och Trace Archive.

MUSCLE (Multiple Sequence Comparison by Log-Expectation) http://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/muscle/

Verktyg för att “aligna” och jämföra “multiple sequences”, speciellt lämpat för aminosyrasekvenser.

EMBOSS Transeq (European Molecular Biology Open Software Suite Transeq) http://www.ebi.ac.uk/Tools/st/emboss_transeq/

Verktyg som “translaterar” nukleinsyrasekvenser till motsvarande peptidsekvenser.

Protein Data Bank in Europe (PDBe) http://www.ebi.ac.uk/pdbe/

Databas som innehåller information om strukturer av biologiska makromolekyler.

Aktivitetsnavigering

Nedanstående navigationsmeny visar de enskilda stegen i aktiviteten. Börja skattjakten genom att klicka på “GFP skattjakt introduktion” i menyn nedan.

GFP skattjakt

• GFP skattjakt introduktion
• Steg 1: Databas sökning
• Steg 2: Jämförelse av nukleotidsekvenser
• Steg 3: Translation av mRNA
• Steg 4: Jämförelse av aminosyrasekvenser
• Steg 5: GFP struktur