English
Čeština
Français
Ελληνικά
Italiano
Steg 2: Jämförelse av nukleotidsekvenser
Översikt
En samtidig jämförelse av alla dina nukleotidsekvenser kan göras genom att använda den server-baserade mjukvaran EMBL-EBI MUSCLE (Multiple Sequence Comparison by Log-Expectation). MUSCLE producerar så kallade sequence alignments. Dessa “alignments” kan användas för att visualisera och tolka sambanden mellan sekvenser – och ibland även mellan arter.
När du är klar med den här övningen så har du gjort en “multiple sequence alignment” (på nukleotid nivå) och kan grovt bedöma vilka nukleotidsekvenser som är mest lika varandra. Nukleotidsekvenserna (införda) tillhandahålls i fliken “Sekvenser”.
Din uppgift
Fortsätt som beskrivs nedan:
- Kopiera omgående samtliga nukleotidsekvenser som tillhandahålls i fliken “Sekvenser” (med andra ord markera och kopiera hela stycket med sekvenser) (genväg Ctrl. + C).
- Klistra in nukleotidsekvenserna i sökrutan i MUSCLE (genväg Ctrl. + V).
- Följ instruktionerna i fliken “MUSCLE” för att “aligna” dina sekvenser.
- Titta på din “alignment” och försök att besvara frågorna i “Frågor” fliken.
MUSCLE
- Kopiera omgående samtliga nukleotidsekvenser som tillhandahålls i fliken “Sekvenser” (med andra ord markera och kopiera hela stycket med sekvenser) (genväg Ctrl. + C).
- Klistra in nukleotidsekvenserna i sökrutan i MUSCLE (genväg Ctrl. + V).
- I “STEP 2” sektionen kollar du att “Output Format” är inställt på “ClustalW”.
- Klicka på den stora “Submit” knappen och din “alignment” kommer att behandlas.
- Du ser dina resultat efter ett par sekunder. Titta på din “alignment” och försök att besvara frågorna i “Frågor” fliken.
Sekvenser 1-4
Sekvens 1
>Sequence1_AVGFP
ATGAGTAAAGGAGAAGAACTTTTCACTGGAGTGGTCCCAGTTCTTGTTGAATTAGATGGCGATGTTAATGGGCAAAAATTCTCTGTCAGTGGAGAGGGTGAAGGTGATGCAACATACGGAAAACTTACCCTTAATTTTATTTGCACTACTGGGAAGCTACCTGTTCCATGGCCAACACTTGTCACTACTTTCTCTTATGGTGTTCAATGCTTCTCAAGATACCCAGATCATATGAAACAGCATGACTTTTTCAAGAGTGCCATGCCCGAAGGTTATGTACAGGAAAGAACTATATTTTACAAAGATGACGGGAACTACAAGACACGTGCTGAAGTCAAGTTTGAAGGTGATACCCTTGTTAATAGAATCGAGTTAAAAGGTATTGATTTTAAAGAAGATGGAAACATTCTTGGACACAAAATGGAATACAACTATAACTCACATAATGTATACATCATGGGAGACAAACCAAAGAATGGCATCAAAGTTAACTTCAAAATTAGACACAACATTAAAGATGGAAGCGTTCAATTAGCAGACCATTATCAACAAAATACTCCAATTGGCGATGGCCCTGTCCTTTTACCAGACAACCATTACCTGTCCACACAATCTGCCCTTTCCAAAGATCCCAACGAAAAGAGAGATCACATGATCCTTCTTGAGTTTGTAACAGCTGCTAGGATTACACATGGCATGGATGAACTATACAAA
Sekvens 2
>Sequence2_GFPm
ATGTCTAAAGGTGAAGAATTATTCACTGGTGTTGTCCCAATTTTGGTTGAATTAGATGGTGATGTTAATGGTCACAAATTTTCTGTCTCCGGTGAAGGTGAAGGTGATGCTACTTACGGTAAATTGACCTTAAAATTTATTTGTACTACTGGTAAATTGCCAGTTCCATGGCCAACCTTAGTCACTACTTTCGGTTATGGTGTTCAATGTTTTGCTAGATACCCAGATCATATGAAACAACATGACTTTTTCAAGTCTGCCATGCCAGAAGGTTATGTTCAAGAAAGAACTATTTTTTTCAAAGATGACGGTAACTACAAGACCAGAGCTGAAGTCAAGTTTGAAGGTGATACCTTAGTTAATAGAATCGAATTAAAAGGTATTGATTTTAAAGAAGATGGTAACATTTTAGGTCACAAATTGGAATACAACTATAACTCTCACAATGTTTACATCATGGCTGACAAACAAAAGAATGGTATCAAAGTTAACTTCAAAATTAGACACAACATTGAAGATGGTTCTGTTCAATTAGCTGACCATTATCAACAAAATACTCCAATTGGTGATGGTCCAGTCTTGTTACCAGACAACCATTACTTATCCACTCAATCTGCCTTATCCAAAGATCCAAACGAAAAGAGAGACCACATGGTCTTGTTAGAATTTGTTACTGCTGCTGGTATTACCCATGGTATGGATGAATTGTACAAATAACTGCAG
Sekvens 3
>Sequence3_YFP
AATATTTTTATTAATTCATTAGAAAAATGAGAGGAAGGATTATTATGTTTAAAGGTATAGTAGAAGGTATAGGAATCATTGAAAAAATTGATATATATACTGACCTAGATAAGTATGCAATTCGATTTCCTGAAAATATGTTGAATGGAATTAAAAAGGAGTCGTCAATAATGTTTAACGGATGCTTCTTAACGGTAACTAGCGTGAATTCAAACATTGTCTGGTTTGATATATTTGAAAAAGAAGCACGTAAGCTTGATACTTTTCGGGAATATAAGGTAGGTGACCGAGTAAATTTAGGAACATTCCCAAAATTTGGCGCTGCATCTGGTGGGCATATATTATCAGCAAGGATTTCATGTGTAGCAAGTATTATTGAAATAATAGAAAATGAGGATTATCAACAAATGTGGATTCAAATTCCTGAAAATTTTACAGAGTTTCTTATTGATAAAGACTATATTGCTGTGGATGGTATTAGCTTAACTATTGACACTATAAAAAACAACCAATTTTTCATTAGTTTACCCTTAAAAATAGCACAAAATACAAATATGAAATGGCGAAAAAAAGGTGATAAGGTAAATGTTGAGTTATCAAACAAAATTAATGCTAACCAGTGTTGGTAATTTACTGAGGATAGTAAAAATGAACTGTTTAAAATAATATTTAAATTTTTATTTATAATACAGAGTCAGTTGTTGTAAATAGTCTGAGTGGTAAATAAGTTCTACCATTAATTAAATATTATCCATATTAAATAAAGGATCT
Sekvens 4
>Sequence4_RFP
AGTTTCAGCCAGTGACAGGGTGAGCTGCCAGGTATTCTAACAAGATGAGTTGTTCCAAGAATGTGATCAAGGAGTTCATGAGGTTCAAGGTTCGTATGGAAGGAACGGTCAATGGGCACGAGTTTGAAATAAAAGGCGAAGGTGAAGGGAGGCCTTACGAAGGTCACTGTTCCGTAAAGCTTATGGTAACCAAGGGTGGACCTTTGCCATTTGCTTTTGATATTTTGTCACCACAATTTCAGTATGGAAGCAAGGTATATGTCAAACACCCTGCCGACATACCAGACTATAAAAAGCTGTCATTTCCTGAGGGATTTAAATGGGAAAGGGTCATGAACTTTGAAGACGGTGGCGTGGTTACTGTATCCCAAGATTCCAGTTTGAAAGACGGCTGTTTCATCTACGAGGTCAAGTTCATTGGGGTGAACTTTCCTTCTGATGGACCTGTTATGCAGAGGAGGACACGGGGCTGGGAAGCCAGCTCTGAGCGTTTGTATCCTCGTGATGGGGTGCTGAAAGGAGACATCCATATGGCTCTGAGGCTGGAAGGAGGCGGCCATTACCTCGTTGAATTCAAAAGTATTTACATGGTAAAGAAGCCTTCAGTGCAGTTGCCAGGCTACTATTATGTTGACTCCAAACTGGATATGACGAGCCACAACGAAGATTACACAGTCGTTGAGCAGTATGAAAAAACCCAGGGACGCCACCATCCGTTCATTAAGCCTCTGCAGTGAACTCGGCTCAGTCATGGATTAGCGGTAATGGCCACAAAAGGCACGATGATCGTTTTTTAGGAATGCAGCCAAAAATTGAAGGTTATGACAGTAGAAATACAAGCAACAGGCTTTGCTTATTAAACATGTAATTGAAAAC
Frågor
Titta på din “alignment” och försök att besvara följande frågor:
- Hur vet du om nukleotiderna i de enskilda sekvenserna är detsamma eller ej, jämfört med de andra “alignade” sekvenserna?
- Tror du att det finns många motsvarande nukleotider? Skulle du ha förväntat dig något annat?
- Vilka av de två sekvenserna bedömer du som mest lika varandra?
Activity navigation
Share:
