Εισαγωγή

Αυτό το κυνήγι θησαυρού σχεδιάστηκε για να εισάγει τους συμμετέχοντες στα διάφορα εργαλεία Βιοπληροφορικής τα οποία μπορούν να χρησιμοποιηθούν για την ταυτοποίηση και ανάλυση μιας νουκλεοτιδικής ή πρωτεϊνικής αλληλουχίας. Σε αυτή τη δραστηριότητα, θα προσπαθήσουμε να αναλύσουμε την αλληλουχία νουκλεοτιδίων και αμινοξέων της πράσινης φθορίζουσας πρωτεΐνης (GFP) και άλλων συγγενών βιομορίων χρησιμοποιώντας ποικίλες βάσεις δεδομένων και εργαλεία ανάλυσης του διαδικτύου. Βιολογικά δεδομένα – όπως για παράδειγμα αλληλουχίες DNA και πρωτεϊνών ή δομικές πληροφορίες – είναι αποθηκευμένα σε βάσεις δεδομένων οι οποίες είναι διαθέσιμες στους ερευνητές. Επειδή τα περισσότερα από αυτά τα δεδομένα έχουν παραχθεί με δημόσια χρηματοδότηση, διατίθενται με ελεύθερη πρόσβαση στο διαδίκτυο. Ομοίως, τα εργαλεία Βιοπληροφορικής που χρησιμοποιούνται είναι σχεδιασμένα από ερευνητές που έχουν λάβει δημόσια χρηματοδότηση και για αυτό διατίθενται με ελεύθερη πρόσβαση στους υπόλοιπους ερευνητές και στο ευρύ κοινό. Σε αυτή τη δραστηριότητα, θα χρησιμοποιήσουμε τέτοιου είδους ελεύθερα εργαλεία και βάσεις δεδομένων Βιοπληροφορικής για την ανάλυσή μας.

Τεχνικές απαιτήσεις

Ο Astex Viewer απαιτεί την εγκατάσταση και την ενεργοποίηση της Java στον υπολογιστή και στο φυλλομετρητή σου. Η Java μπορεί να εγκατασταθεί δωρεάν μέσω της ιστοσελίδας java.com. Πληροφορίες στο πως να ενεργοποιήσεις τη Java στο φυλλομετρητή σου μπορούν να βρεθούν εδώ.

Εργαλεία βιοπληροφορικής

ENA (European Nucleotide Archive) https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/sequence-search

Βάση δεδομένων που παρέχει πλήρεις καταγραφές νουκλεοτιδικών αλληλουχιών, καλύπτοντας πρωτογενή δεδομένα αλληλούχησης, πληροφορίες συναρμολόγησης αλληλουχιών και λειτουργικές επισημάνσεις επί αυτών. Το ENA αποτελείται από έναν αριθμό από διακριτές βάσεις δεδομένων οι οποίες περιλαμβάνουν τις: EMBL-Bank, the Sequence Read Archive (SRA) και the Trace Archive.

MUSCLE (Multiple Sequence Comparison by Log-Expectation) http://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/muscle/

Εργαλείο το οποίο χρησιμοποιείται για την ευθυγράμμιση και σύγκριση πολλαπλών αλληλουχιών, ιδιαιτέρως κατάλληλο για αλληλουχίες αμινοξέων.

EMBOSS Transeq (European Molecular Biology Open Software Suite Transeq) http://www.ebi.ac.uk/Tools/st/emboss_transeq/

Εργαλείο το οποίο μεταφράζει τις νουκλεοτιδικές αλληλουχίες στις αντίστοιχες πεπτιδικές αλληλουχίες.

Protein Data Bank in Europe (PDBe) http://www.ebi.ac.uk/pdbe/

Βάση δεδομένων που περιέχει πληροφορίες σχετικές με δομές βιολογικών μακρομορίων.

Πλοήγηση δραστηριότητας

Το παρακάτω μενού πλοήγησης παραθέτει τα βήματα που πρέπει να ακολουθηθούν κατά τη διάρκεια της δραστηριότητας. Ξεκίνησε το “κυνήγι θησαυρού” κάνοντας κλικ στο “Εισαγωγή στο κυνήγι θησαυρού της πράσινης φθορίζουσας πρωτεΐνης – GFP” στο παρακάτω μενού.

Κυνήγι θησαυρού της πράσινης φθορίζουσας πρωτεΐνης – GFP

• Εισαγωγή στο κυνήγι θησαυρού της πράσινης φθορίζουσας πρωτεΐνης – GFP
• Βήμα 1: Αναζήτηση στη βάση δεδομένων “ΕΝΑ”
• Βήμα 2: Σύγκριση των νουκλεοτιδικών αλληλουχιών
• Βήμα 3: Μετάφραση των mRNAs
• Βήμα 4: Σύγκριση αμινοξικών αλληλουχιών
• Βήμα 5: Δομή της πράσινης φθορίζουσας πρωτεΐνης – GFP