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Caccia al tesoro GFP
Descrizione
Questa caccia al tesoro è stata progettata per introdurre i vari approcci bioinformatici che possono essere utilizzati per identificare ed analizzare sequenze di DNA e proteine. Nel corso dell’attività verranno analizzate le sequenze del DNA e degli aminoacidi della proteine verde fluorescente – Green Fluorescent Protein (GFP) e di altre molecole ad essa correlate utilizzando diversi database e strumenti di analisi disponibili sul web. I dati biologici – ad esempio sequenze di DNA e proteine o informazioni strutturali – sono archiviate e aggiornate in database che sono resi disponibili agli scienziati. Poiché la maggior parte dei dati sono prodotti utilizzando finanziamenti pubblici, essi sono resi pubblici. Allo stesso modo, gli strumenti bioinformatici sono progettati dagli scienziati utilizzando finanziamenti pubblici e quindi sono messi a disposizione di altri scienziati e del pubblico. In questa attività utilizzeremo questi database e questi strumenti per la nostra analisi.
Requisiti tecnici
Astex Viewer richiede l’installazione sul computer e l’abilitazione nel browser web di Java . Java può essere scaricato gratuitamente da java.com. Informazioni su come abilitare Java nel vostro browser web sono disponibili su here.
Strumenti di bioinformatica
ENA (European Nucleotide Archive) https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/sequence-search
Database che fornisce una registrazione completa delle informazioni internazionali sulle sequenze nucleotidiche, comprendenti dati grezzi di sequenziamento, informazioni sull’assemblaggio delle sequenze e annotazioni funzionali. ENA è formato da un certo numero di distinti database che includono EMBL-Bank, Sequence Read Archive (SRA) e Trace Archive.
MUSCLE (Multiple Sequence Comparison by Log-Expectation) http://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/muscle/
Strumenti per allineare e confrontare sequenze multiple, particolarmente adatto per le sequenze di aminoacidi.
EMBOSS Transeq (European Molecular Biology Open Software Suite Transeq) http://www.ebi.ac.uk/Tools/st/emboss_transeq/
Strumento che traduce sequenze di acidi nucleici nelle corrispondenti sequenze peptidiche.
Protein Data Bank in Europe (PDBe) http://www.ebi.ac.uk/pdbe/
Database contenente informazioni sulla struttura delle macromolecole biologiche.
Liste attivita
Il menù di navigazione qui sotto mostra i vari passaggi dell’attività. Iniziate la caccia al tesoro cliccando su “GFP treasure hunt introduction” nel menù.
Topic area: Bioinformatics
Age group: 16-19
Author: Philipp Gebhardt
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