English
Čeština
Français
Ελληνικά
Italiano
GFP skattjakt introduktion
Introduktion
Hur ser en biologisk sekvens ut och vad kan du göra med den?
Föreställ dig att EMBL Genomics Core Facility har sekvenserat DNA-prover med olika fluorescerande proteiner. Innan du startar bioinformatik-analysen utifrån dessa prover, läs nedanstående för att förstå hur resultat från DNA-sekvensering presenteras.
Resultat från DNA-sekvensering kan visualiseras på två olika sätt:
1.Sekvenserings-kromatogram
Ett sekvenserings-kromatogram visar data som producerats av sekvenseringsmaskinen som så kallade “peaks”.
Olika färger används för var och en av de 4 baserna:
A = grön , C = blå , G = svart, T = röd
DNA-sekvensen kan “läsas” som en sekvens med enskilda “peaks”. Följande är ett exempel på ett sådant sekvenserings-kromatogram:
2. Text filer i FASTA format
FASTA format är ett textbaserat format som används för att visa och lagra nukleinsyrasekvenser (DNA and RNA) och aminosyrasekvenser (protein).Varje sekvens startar med en rad med ett större-än-tecken (>) och en beskrivande rubrik (det här är namnet på sekvensen). Namnet på sekvensen läggs till utan att använda mellanslagstangenten. Därefter följer rader med sekvensdata. Följande visar ett exempel på en sekvens i FASTA format:
>Human_1233_P1 AGGAGCAGGGAGGGCAGGAGCCAGGGCTGGGCATAAAAGTCAGGGCAGAGCCATCTATTGCTTACATTTGCTTCTGACACAACTGTGTTCACTAGCAACCTCAAACAGACACCATGGTGCACCTGACTCCTGAGGAGAAGTCTGCCGTTACTGCCCTGTGGGGCAAGGTGAACGTGGATGGAAGTTGGTGGTGAGGCCCTGGGCAGGTTGGTATCAAGGTTACAAGACAGGTTTAAGGAGACCAATAGAAACTGGGCATGTGGAGACAGAGAAGACTCTTGGGTTTCTGATAGGCACTGACTCTCTCTGCCTATTGGTCTATTTTCCCACCCTTAGGCTGCTGGTGGTCTACCCTTGGACCCAGAGGTTCTTTGAGTCCTTTGGGGATCTGTCCACTCCTGATGCTGTTATGGGCAACCCTAAGGTGAAGGCTCATGGCAAGAAAGTGCTCGGTGCCTTTAGTGATGGCCTGGCTCACCTGGACAACCTCAAGGGCACCTTTGCCACACTGAGTGAGCTGCACTGTGACAAGCTGCACGTGGATCCTGAGAACTTCAGGGT
Inom FASTA sekvenser används 1-bokstavskoder för nukleinsyror and aminosyror:
1-bokstavskoder för nukleinsyror :
Adenin = A
Cytosin = C
Guanin = G
Tymin = T
1-bokstavskoder för aminosyror:
Alanin A, Arginin R, Asparagin N, Asparaginsyra D, Cystein C, Glutamin Q, Glutaminsyra E, Glycin G, Histidin H, Isoleucin I, Leucin L, Lysin K, Metionin M, Fenylalanin F, Prolin P, Serin S, Treonin T, Tryptofan W, Tyrosin Y, Valin V
Aktivitetsnavigering
Share:
