English
Čeština
Français
Ελληνικά
Italiano
Steg 1: Databas sökning
Översikt
Föreställ dig att våra DNA-prover har blandats innan sekvensering och vi vet inte vilket prov som är vilket. För att fastställa sekvensernas identitet och ta reda på mera om deras ursprung, så kommer vi att genomföra en sökning i en databas som kallas European Nucleotide Archive (ENA).
Sekvenserna som vi ska använda för vår analys finns nedan i “Sekvens” flikarna. Var och en av dem har ett släktnamn, och efter ENA sökningen ska du kunna tilldela sekvenserna till ursprunget för fyra organismer.
Din uppgift
Fortsätt som beskrivs nedan:
- Gå till fliken “Sekvens 1” och kopiera hela sekvensen som startar med “>Sequence 1”. Du kan använda genvägen Ctrl.+C på tangentbordet för att kopiera sekvensen.
- Följ instruktionerna i “ENA” fliken för att söka i databasen.
- Notera vad du har funnit, försök besvara frågorna i “Frågor” fliken och upprepa proceduren med resten av sekvenserna.
ENA
- Klistra in sekvensen i ENA-sökrutan (genväg Ctrl.+V).
- Klicka på “Submit“ längst ned och din sökning kommer att påbörjas. Den infogade sekvensen kommer nu att jämföras med alla kända sekvenser som finns i databasen.
- Du får sökresultaten presenterade efter några sekunder. Skrolla genom sidan till kolumnerna med rubriken “ENA” och försök lista ut vilken art som identifierades för att matcha din sekvens. De mest liknande sekvenserna har en “Identity (%)” värde som är 100 och ett “E-Value” som är 0.
- Notera vad du har funnit, försök besvara frågorna i “Frågor” fliken och upprepa proceduren med resten av sekvenserna.
Sekvenser 1-4
Sekvens 1
>Sequence1_AVGFP
ATGAGTAAAGGAGAAGAACTTTTCACTGGAGTGGTCCCAGTTCTTGTTGAATTAGATGGCGATGTTAATGGGCAAAAATTCTCTGTCAGTGGAGAGGGTGAAGGTGATGCAACATACGGAAAACTTACCCTTAATTTTATTTGCACTACTGGGAAGCTACCTGTTCCATGGCCAACACTTGTCACTACTTTCTCTTATGGTGTTCAATGCTTCTCAAGATACCCAGATCATATGAAACAGCATGACTTTTTCAAGAGTGCCATGCCCGAAGGTTATGTACAGGAAAGAACTATATTTTACAAAGATGACGGGAACTACAAGACACGTGCTGAAGTCAAGTTTGAAGGTGATACCCTTGTTAATAGAATCGAGTTAAAAGGTATTGATTTTAAAGAAGATGGAAACATTCTTGGACACAAAATGGAATACAACTATAACTCACATAATGTATACATCATGGGAGACAAACCAAAGAATGGCATCAAAGTTAACTTCAAAATTAGACACAACATTAAAGATGGAAGCGTTCAATTAGCAGACCATTATCAACAAAATACTCCAATTGGCGATGGCCCTGTCCTTTTACCAGACAACCATTACCTGTCCACACAATCTGCCCTTTCCAAAGATCCCAACGAAAAGAGAGATCACATGATCCTTCTTGAGTTTGTAACAGCTGCTAGGATTACACATGGCATGGATGAACTATACAAA
Sekvens 2
>Sequence2_GFPm
ATGTCTAAAGGTGAAGAATTATTCACTGGTGTTGTCCCAATTTTGGTTGAATTAGATGGTGATGTTAATGGTCACAAATTTTCTGTCTCCGGTGAAGGTGAAGGTGATGCTACTTACGGTAAATTGACCTTAAAATTTATTTGTACTACTGGTAAATTGCCAGTTCCATGGCCAACCTTAGTCACTACTTTCGGTTATGGTGTTCAATGTTTTGCTAGATACCCAGATCATATGAAACAACATGACTTTTTCAAGTCTGCCATGCCAGAAGGTTATGTTCAAGAAAGAACTATTTTTTTCAAAGATGACGGTAACTACAAGACCAGAGCTGAAGTCAAGTTTGAAGGTGATACCTTAGTTAATAGAATCGAATTAAAAGGTATTGATTTTAAAGAAGATGGTAACATTTTAGGTCACAAATTGGAATACAACTATAACTCTCACAATGTTTACATCATGGCTGACAAACAAAAGAATGGTATCAAAGTTAACTTCAAAATTAGACACAACATTGAAGATGGTTCTGTTCAATTAGCTGACCATTATCAACAAAATACTCCAATTGGTGATGGTCCAGTCTTGTTACCAGACAACCATTACTTATCCACTCAATCTGCCTTATCCAAAGATCCAAACGAAAAGAGAGACCACATGGTCTTGTTAGAATTTGTTACTGCTGCTGGTATTACCCATGGTATGGATGAATTGTACAAATAACTGCAG
Sekvens 3
>Sequence3_YFP
AATATTTTTATTAATTCATTAGAAAAATGAGAGGAAGGATTATTATGTTTAAAGGTATAGTAGAAGGTATAGGAATCATTGAAAAAATTGATATATATACTGACCTAGATAAGTATGCAATTCGATTTCCTGAAAATATGTTGAATGGAATTAAAAAGGAGTCGTCAATAATGTTTAACGGATGCTTCTTAACGGTAACTAGCGTGAATTCAAACATTGTCTGGTTTGATATATTTGAAAAAGAAGCACGTAAGCTTGATACTTTTCGGGAATATAAGGTAGGTGACCGAGTAAATTTAGGAACATTCCCAAAATTTGGCGCTGCATCTGGTGGGCATATATTATCAGCAAGGATTTCATGTGTAGCAAGTATTATTGAAATAATAGAAAATGAGGATTATCAACAAATGTGGATTCAAATTCCTGAAAATTTTACAGAGTTTCTTATTGATAAAGACTATATTGCTGTGGATGGTATTAGCTTAACTATTGACACTATAAAAAACAACCAATTTTTCATTAGTTTACCCTTAAAAATAGCACAAAATACAAATATGAAATGGCGAAAAAAAGGTGATAAGGTAAATGTTGAGTTATCAAACAAAATTAATGCTAACCAGTGTTGGTAATTTACTGAGGATAGTAAAAATGAACTGTTTAAAATAATATTTAAATTTTTATTTATAATACAGAGTCAGTTGTTGTAAATAGTCTGAGTGGTAAATAAGTTCTACCATTAATTAAATATTATCCATATTAAATAAAGGATCT
Sekvens 4
>Sequence4_RFP
AGTTTCAGCCAGTGACAGGGTGAGCTGCCAGGTATTCTAACAAGATGAGTTGTTCCAAGAATGTGATCAAGGAGTTCATGAGGTTCAAGGTTCGTATGGAAGGAACGGTCAATGGGCACGAGTTTGAAATAAAAGGCGAAGGTGAAGGGAGGCCTTACGAAGGTCACTGTTCCGTAAAGCTTATGGTAACCAAGGGTGGACCTTTGCCATTTGCTTTTGATATTTTGTCACCACAATTTCAGTATGGAAGCAAGGTATATGTCAAACACCCTGCCGACATACCAGACTATAAAAAGCTGTCATTTCCTGAGGGATTTAAATGGGAAAGGGTCATGAACTTTGAAGACGGTGGCGTGGTTACTGTATCCCAAGATTCCAGTTTGAAAGACGGCTGTTTCATCTACGAGGTCAAGTTCATTGGGGTGAACTTTCCTTCTGATGGACCTGTTATGCAGAGGAGGACACGGGGCTGGGAAGCCAGCTCTGAGCGTTTGTATCCTCGTGATGGGGTGCTGAAAGGAGACATCCATATGGCTCTGAGGCTGGAAGGAGGCGGCCATTACCTCGTTGAATTCAAAAGTATTTACATGGTAAAGAAGCCTTCAGTGCAGTTGCCAGGCTACTATTATGTTGACTCCAAACTGGATATGACGAGCCACAACGAAGATTACACAGTCGTTGAGCAGTATGAAAAAACCCAGGGACGCCACCATCCGTTCATTAAGCCTCTGCAGTGAACTCGGCTCAGTCATGGATTAGCGGTAATGGCCACAAAAGGCACGATGATCGTTTTTTAGGAATGCAGCCAAAAATTGAAGGTTATGACAGTAGAAATACAAGCAACAGGCTTTGCTTATTAAACATGTAATTGAAAAC
Frågor
- Vilka arter kan knytas till sekvenserna 1, 2, 3 and 4?
- Titta på “Alignments” och du ser en 1:1 jämförelse av de två sekvenserna. Detta kallas för “pairwise alignment”. För att se denna “alignment”, antingen klicka på beskrivningen av varje enskilt sökresultat eller klicka på “Show all alignments” längst ned i ENA resultaten.
- Hur framställs nukleotiderna som matchas i båda sekvenserna?
- Jämför din inmatade sekvens med databas-sekvensen. Finns några skillnader mellan din sekvens (query) och sekvensen som lagrats i databasen (subject)?
- Finns några skillnader mellan enskilda nukleotider i de två sekvenserna? Vad kan det bero på?
Aktivitetsnavigering
Share:
