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Étape 2: Comparaison des séquences de nucléotides
Aperçu
Une comparaison simultanée de tous vos nucléotides peut être effectuée en utilisant le logiciel EMBL-EBI MUSCLE (Multiple Sequence Comparison by Log-Expectation). MUSCLE produit ce que l’on appelle des alignements de séquences. Ceux-ci peuvent être utiiisés pour visualiser et interpréter les relations qui existent entre des séquences – et parfois même entre des espèces.
Lorsque vous aurez complété cet exercice, vous devriez avoir produit un alignement de séquences multiples (au niveau du nucléotide) et vous serez en mesure de déterminer approximativement quelles séquences de nucléotides sont les plus apparentées les unes aux autres. Les séquences de nucléotides (entrée) sont présentées sous l’onglet “Séquences”.
Votre tâche
Proceed as described below:
Suivez la procédure suivante :
- Copiez d’un seul coup toutes les séquences de nucléotides qui sont disponibles sous l’onglet “Séquences” (par ex. sélectionnez et copiez le bloc entier des séquences) (raccourci clavier : Ctrl. + C).
- Collez les séquences de nucléotides dans la zone de recherche MUSCLE (raccourci clavier : Ctrl + V).
- Suivez les instructions sous l’onglet “MUSCLE” pour aligner vos séquences.
- Observez l’alignement et essayez de répondre aux questions sous l’onglet “Questions”.
MUSCLE
- Copiez d’un seul coup toutes les séquences de nucléotides qui sont disponibles sous l’ongle “Séquences” (par ex. sélectionnez et copiez le bloc complet des séquences) (raccourci clavier : Ctrl. + C).
- Collez les séquences de nucléotides dans la zone de recherche MUSCLE (raccourci clavier : Ctrl. + V).
- Dans la section “Étape 2”, assurez-vous que le “Format de sortie” correspond à “ClustalW”.
- Cliquez simplement sur le gros bouton “Envoyer” et votre alignement sera traité.
- Vous pourrez voir le résultat en quelques secondes. Observez l’alignement et essayez de répondre aux questions sous l’onglet “Questions”.
Séquences 1-4
Séquence 1
>Sequence1_AVGFP
ATGAGTAAAGGAGAAGAACTTTTCACTGGAGTGGTCCCAGTTCTTGTTGAATTAGATGGCGATGTTAATGGGCAAAAATTCTCTGTCAGTGGAGAGGGTGAAGGTGATGCAACATACGGAAAACTTACCCTTAATTTTATTTGCACTACTGGGAAGCTACCTGTTCCATGGCCAACACTTGTCACTACTTTCTCTTATGGTGTTCAATGCTTCTCAAGATACCCAGATCATATGAAACAGCATGACTTTTTCAAGAGTGCCATGCCCGAAGGTTATGTACAGGAAAGAACTATATTTTACAAAGATGACGGGAACTACAAGACACGTGCTGAAGTCAAGTTTGAAGGTGATACCCTTGTTAATAGAATCGAGTTAAAAGGTATTGATTTTAAAGAAGATGGAAACATTCTTGGACACAAAATGGAATACAACTATAACTCACATAATGTATACATCATGGGAGACAAACCAAAGAATGGCATCAAAGTTAACTTCAAAATTAGACACAACATTAAAGATGGAAGCGTTCAATTAGCAGACCATTATCAACAAAATACTCCAATTGGCGATGGCCCTGTCCTTTTACCAGACAACCATTACCTGTCCACACAATCTGCCCTTTCCAAAGATCCCAACGAAAAGAGAGATCACATGATCCTTCTTGAGTTTGTAACAGCTGCTAGGATTACACATGGCATGGATGAACTATACAAA
Séquence 2
>Sequence2_GFPm
ATGTCTAAAGGTGAAGAATTATTCACTGGTGTTGTCCCAATTTTGGTTGAATTAGATGGTGATGTTAATGGTCACAAATTTTCTGTCTCCGGTGAAGGTGAAGGTGATGCTACTTACGGTAAATTGACCTTAAAATTTATTTGTACTACTGGTAAATTGCCAGTTCCATGGCCAACCTTAGTCACTACTTTCGGTTATGGTGTTCAATGTTTTGCTAGATACCCAGATCATATGAAACAACATGACTTTTTCAAGTCTGCCATGCCAGAAGGTTATGTTCAAGAAAGAACTATTTTTTTCAAAGATGACGGTAACTACAAGACCAGAGCTGAAGTCAAGTTTGAAGGTGATACCTTAGTTAATAGAATCGAATTAAAAGGTATTGATTTTAAAGAAGATGGTAACATTTTAGGTCACAAATTGGAATACAACTATAACTCTCACAATGTTTACATCATGGCTGACAAACAAAAGAATGGTATCAAAGTTAACTTCAAAATTAGACACAACATTGAAGATGGTTCTGTTCAATTAGCTGACCATTATCAACAAAATACTCCAATTGGTGATGGTCCAGTCTTGTTACCAGACAACCATTACTTATCCACTCAATCTGCCTTATCCAAAGATCCAAACGAAAAGAGAGACCACATGGTCTTGTTAGAATTTGTTACTGCTGCTGGTATTACCCATGGTATGGATGAATTGTACAAATAACTGCAG
Séquence 3
>Sequence3_YFP
AATATTTTTATTAATTCATTAGAAAAATGAGAGGAAGGATTATTATGTTTAAAGGTATAGTAGAAGGTATAGGAATCATTGAAAAAATTGATATATATACTGACCTAGATAAGTATGCAATTCGATTTCCTGAAAATATGTTGAATGGAATTAAAAAGGAGTCGTCAATAATGTTTAACGGATGCTTCTTAACGGTAACTAGCGTGAATTCAAACATTGTCTGGTTTGATATATTTGAAAAAGAAGCACGTAAGCTTGATACTTTTCGGGAATATAAGGTAGGTGACCGAGTAAATTTAGGAACATTCCCAAAATTTGGCGCTGCATCTGGTGGGCATATATTATCAGCAAGGATTTCATGTGTAGCAAGTATTATTGAAATAATAGAAAATGAGGATTATCAACAAATGTGGATTCAAATTCCTGAAAATTTTACAGAGTTTCTTATTGATAAAGACTATATTGCTGTGGATGGTATTAGCTTAACTATTGACACTATAAAAAACAACCAATTTTTCATTAGTTTACCCTTAAAAATAGCACAAAATACAAATATGAAATGGCGAAAAAAAGGTGATAAGGTAAATGTTGAGTTATCAAACAAAATTAATGCTAACCAGTGTTGGTAATTTACTGAGGATAGTAAAAATGAACTGTTTAAAATAATATTTAAATTTTTATTTATAATACAGAGTCAGTTGTTGTAAATAGTCTGAGTGGTAAATAAGTTCTACCATTAATTAAATATTATCCATATTAAATAAAGGATCT
Séquence 4
>Sequence4_RFP
AGTTTCAGCCAGTGACAGGGTGAGCTGCCAGGTATTCTAACAAGATGAGTTGTTCCAAGAATGTGATCAAGGAGTTCATGAGGTTCAAGGTTCGTATGGAAGGAACGGTCAATGGGCACGAGTTTGAAATAAAAGGCGAAGGTGAAGGGAGGCCTTACGAAGGTCACTGTTCCGTAAAGCTTATGGTAACCAAGGGTGGACCTTTGCCATTTGCTTTTGATATTTTGTCACCACAATTTCAGTATGGAAGCAAGGTATATGTCAAACACCCTGCCGACATACCAGACTATAAAAAGCTGTCATTTCCTGAGGGATTTAAATGGGAAAGGGTCATGAACTTTGAAGACGGTGGCGTGGTTACTGTATCCCAAGATTCCAGTTTGAAAGACGGCTGTTTCATCTACGAGGTCAAGTTCATTGGGGTGAACTTTCCTTCTGATGGACCTGTTATGCAGAGGAGGACACGGGGCTGGGAAGCCAGCTCTGAGCGTTTGTATCCTCGTGATGGGGTGCTGAAAGGAGACATCCATATGGCTCTGAGGCTGGAAGGAGGCGGCCATTACCTCGTTGAATTCAAAAGTATTTACATGGTAAAGAAGCCTTCAGTGCAGTTGCCAGGCTACTATTATGTTGACTCCAAACTGGATATGACGAGCCACAACGAAGATTACACAGTCGTTGAGCAGTATGAAAAAACCCAGGGACGCCACCATCCGTTCATTAAGCCTCTGCAGTGAACTCGGCTCAGTCATGGATTAGCGGTAATGGCCACAAAAGGCACGATGATCGTTTTTTAGGAATGCAGCCAAAAATTGAAGGTTATGACAGTAGAAATACAAGCAACAGGCTTTGCTTATTAAACATGTAATTGAAAAC
Questions
Observez l’alignement et essayez de répondre aux questions suivantes :
- Comment pouvez-vous savoir que les nucléotides des séquences individuelles correspondent ou non aux autres séquences alignées ?
- Croyez-vous qu’il y ait plusieurs nucléotides correspondants ? Aviez-vous envisagé quelque chose d’autre ?
- D’après vous, quelles deux séquences présentent le plus de similarités ?
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