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Étape 5: Structure de la GFP
Aperçu
Dans la dernière partie de l’activité, nous utiliserons la Protein Data Bank Europe (PDBe) pour visualiser un modèle de structure interactive de GFP en 3D avec lequel nous nous amuserons un peu.
Votre tâche
Suivez la procédure suivante :
- Cliquez sur l’onglet “PDBe”.
- Cherchez Protéine à fluorescence verte GFP, ou 1GFL.
- Suivez les instructions sous l’onglet “PDBe” et essayez de répondre aux questions relatives à la tâche.
PDBe
- Ouvrir le lien dans une nouvelle fenêtre de navigateur: https://www.ebi.ac.uk/pdbe/
- Dans la zone de recherche, saisissez Protéine à fluorescence verte, GFP, ou 1GFL et appuyez sur le bouton “Rechercher”.
- Vous serez alors redirigé vers les résultats obtenus pour la recherche “Protéine à fluorescence verte” (GFP) dans la PDBe. En cliquant sur l’une des images des structures de protéines, vous pouvez ouvrir la visionneuse interactive de protéines 3D (vous pouvez aussi cliquer sur “Voir en 3D”, puis sélectionner la “Visionneuse Astex”). Veuillez noter qu’il est possible qu’à cette étape, le système vous demande une autorisation d’utilisation Java. Vous pouvez maintenant voir un modèle 3D en carton de la structure de la GFP. Vous pouvez utiliser votre curseur pour effectuer une rotation de la structure. Les options choisies (telles que le type de représentation structurel ou la couleur) peuvent être modifiées en utilisant le menu de gauche ou en effectuant un clic droit sur l’image.
Questions
Amusez-vous à faire tourner le modèle interactif 3D de la structure de la protéine et essayez de répondre à quelques-unes des questions suivantes :
- À quoi ressemble la forme de la molécule de la GFP ?
- Pouvez-vous trouver le chromophore de la structure moléculaire ?
- Quel effet peut entraîner une mutation sur la fonction de la protéine ?
Navigation d’activité
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