Descrizione

Nella parte finale dell’attività, utilizzeremi il sito the Protein Data Bank Europe (PDBe) per visualizzare una struttura tridimensionale interattiva della GFP e divertirsi a manipolarla.

Il tuo compito

Procedere come descritto sotto:

1. Aprite la tabulazione “PDBe”.
2. Cercate Green Fluorescent Protein, GFP, oppure 1GFL.
3. Seguite le istruzioni nella tabulazione “PDBe” e cercate di rispondere alle domande.

PDBe

1. Apri il link in una nuova finestra del browser: https://www.ebi.ac.uk/pdbe/
2. Nel box di ricerca digitate Green Fluorescent Protein, GFP, oppure 1GFL e cliccate sul bottone “Search”.
3. Siete stati indirizzati ai risultati per la proteina verde fluorescente (GFP) in PDBe. Se cliccate sull’ immagine di una delle strutture proteiche aprirete un visualizzatore 3D interattivo (in alternativa, cliccate su “View in 3D” e poi selezionate “Astex Viewer”). Potreste visualizzare una richiesta di attivazione di Java. Visualizzerete la struttura tridimensionale a nastri della GFP. Potete usare il cursore per ruotare la struttura. Le impostazioni selezionate (per esempio il tipo di rappresentazione o il colore) possono essere modificate o usando il menu sulla sinistra o cliccando con il pulsante destro sull’immagine.

Domande

Divertitevi con la struttura tridimensionale interattiva e cercate di rispondere alle domande seguenti:

• A che cosa somiglia la forma della molecola GFP?
• Potete individuare il cromoforo nella struttura molecolare?
• Che effetti potrebbe avere una mutazione sulla funzione della proteina?

Liste attivita

Caccia al tesoro GFP

• Caccia al tesoro GFP – Introduzione
• Step 1: Ricerca nel database
• Step 2: Confronto di sequenze nucleotidiche
• Step 3: Traduzione degli mRNA
• Step 4: Confronto di sequenze aminoacidiche
• Step 5: Struttura della GFP