Översikt

I den sista delen i aktiviteten ska vi använda Protein Data Bank Europe (PDBe) för att visualisera en interaktiv tre-dimensionell struktur av GFP och leka lite med den.

Din uppgift

Fortsätt som beskrivs nedan:

1. Klicka på fliken “PDBe”.
2. Sök efter någon av Green Fluorescent Protein, GFP, eller 1GFL.
3. Följ instruktionerna i “PDBe” fliken och försök besvara uppgiftsfrågorna.

PDBe

1. Öppna länken i ett nytt webbläsarfönster: https://www.ebi.ac.uk/pdbe/
2. I sökrutan skriver du antingen Green Fluorescent Protein, GFP, eller 1GFL och trycker på “Search” knappen.
3. Du har nu fått vidarebefordrat de grön fluorescerande protein (GFP) bidragen i PDBe. Om du klickar på en bild av någon av proteinstrukturerna så öppnas en interaktive 3D protein “viewer” (alternativt, klicka på “View in 3D” och välj därefter “Astex Viewer”). Var beredd på att du kan bli tillfrågad om att ge tillstånd till Java i det läget. Du ser nu en tredimensionell “ribbon-cartoon” struktur av GFP. Du kan använda markören till att rotera strukturen. Valda “features” (såsom typ av strukturell representation eller färg) kan modifieras antingen genom att använda menyn till vänster eller genom att höger-klicka på bilden.

Frågor

Lek runt med den interaktiva tredimensionella proteinstrukturen och försök besvara någon av följande frågor:

• Vad ser formen på GFP molekylen ut som?
• Kan du hitta kromoforen i molekylstrukturen?
• Vilken effekt kan mutationer medföra på proteinets funktion?

Aktivitetsnavigering

GFP skattjakt

• GFP skattjakt introduktion
• Steg 1: Databas sökning
• Steg 2: Jämförelse av nukleotidsekvenser
• Steg 3: Translation av mRNA
• Steg 4: Jämförelse av aminosyrasekvenser
• Steg 5: GFP struktur