Aperçu général

Dans cette activité, nous allons utiliser des approches bio-informatiques pour étudier l’évolution moléculaire des gènes. Nous utiliserons tout d’abord l’outil appelé BLAST (basic local alignment search tool) pour identifier une protéine “inconnue” et découvrir des informations fondamentales concernant ses fonctions biologiques. Pour obtenir un aperçu de l’évolution de cette famille de protéines, nous alignerons par la suite des séquences de protéines homologues et explorerons la conservation et la variabilité des différentes régions de la protéine afin d’identifier d’importants résidus fonctionnels. Dans l’exercice suivant, nous apprendrons à construire un arbre phylogénétique afin de mieux comprendre la relation qui existe entre les éléments homologues, paralogues et orthologues et nous étudierons la relation évolutive à l’intérieur de la famille de la protéine. La dernière partie de l’activité permettra d’observer la structure tri-dimensionnelle d’un des membres de cette famille de protéine.

Exigences techniques

Cette activité a été conçue pour les systèmes d’exploitation Windows. Les utilisateurs de Mac pourraient rencontrer des problèmes de compatibilité Java lorsqu’ils utiliseront JalView et Astex Viewer. Nous recommandons l’utilisation du navigateur Web Mozilla Firefox lors de la réalisation de l’activité.

Pour pouvoir utiliser JalView et Astex Viewer, le logiciel Java doit être installé sur votre ordinateur et activé dans votre navigateur Web. Vous pouvez installer Java gratuitement à partir de java.com. Cliquez sur le lien suivant pour voir la procédure à suivre afin d’activer Java sur votre navigateur Web.

Outils bio-informatiques

MUSCLE (Multiple Sequence Comparison by Log-Expectation)

http://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/muscle/
Un outil pour aligner et comparer des séquences multiples, particulièrement utile pour les séquences d’acides aminés.

Protein BLAST (Basic Local Alignment Search Tool)

http://www.ebi.ac.uk/Tools/sss/ncbiblast/
Un outil qui permet d’analyser des bases de données lors de la recherche d’une protéine. Il permet d’identifier des similarités locales ou régionales entre des séquences de protéines et ainsi trouver l’identité des protéines manquantes dans la base de données.

Uniprot

http://www.uniprot.org/
Catalogue d’informations sur les protéines, incluant des séquences et des fonctions des protéines.

Protein Data Bank in Europe (PDBe) 

http://www.ebi.ac.uk/pdbe/
Une base de données qui contient des informations sur la structure des macromolécules biologiques.

Glossary

Check out the ELLS Glossary for a growing number of bioinformatics-related terms (in English).

Navigation d‘activité

• Exploration de l’évolution des protéines photosensibles
• Partie 1: À la recherche de l’identité des protéines
• Partie 2 : Alignements multiples des séquences de protéines
• Partie 3 : Analyses phylogénétiques des alignements de séquences de protéines
• Partie 4 : Analyses topologique et structurelle des protéines