English
Français
Ελληνικά
Italiano
Část 1: Hledání identity neznámého proteinu
Overview
Právě se nám podařilo vyklonovat nový gen a dnes jsme konečně získali výsledky sekvenační reakce. Podařilo se nám přeložit DNA sekvenci do proteinové, bohužel však nevíme nic o funkci tohoto genu. Proto se pokusíme v internetové bioinformatické databázi, která již obsahuje mnoho známých proteinů, najít velmi podobné sekvence a zjistit, jestli se náš protein nápadně nepodobá některému proteinu, jehož biologická funkce je již známa.
Při vypracovávání úlohy prosím sledujte pokyny v záložce “Vaše úloha” a pokuste se odpovědět na otázky ke každému cvičení.
Vaše úloha
Postupujte následovně:
1. Záložka “Sekvence” obsahuje aminokyselinovou sekvenci našeho nově vyklonovaného neznámého proteinu “Bovine_Protein”. (tedy alespoň víme, že jsme gen vyklonovali z býka).
2. Zkopírujte sekvenci do paměti počítače a pokračujte záložkou “Protein BLAST”.
3. Řiďte se pokyny v záložce “Protein BLAST” a pokuste se odpovědět na otázky v záložce “Otázky”.
Sekvence
Aše vstupní sekvence (“neznámý” protein):
Bovine_Protein
MNGTEGPNFYVPFSNKTGVVRSPFEAPQYYLAEPWQFSMLAAYMFLLIMLGFPINFLTLYVTVQHKKLRTPLNYILLNLAVADLFMVFGGFTTTLYTSLHGYFVFGPTGCNLEGFFATLGGEIALWSLVVLAIERYVVVCKPMSNFRFGENHAIMGVAFTWVMALACAAPPLVGWSRYIPEGMQCSCGIDYYTPHEETNNESFVIYMFVVHFIIPLIVIFFCYGQLVFTVKEAAAQQQESATTQKAEKEVTRMVIIMVIAFLICWLPYAGVAFYIFTHQGSDFGPIFMTIPAFFAKTSAVYNPVIYIMMNKQFRNCMVTTLCCGKNPLGDDEASTTVSKTETSQVAPAProtein BLAST
1. Použijte níže zobrazený nástroj Protein BLAST (Basic Local Alignment Search Tool).
2. Zkopírujte a vložte vaší aminokyselinovou sekvenci (včetně znaménka “>”) do okna “Query”. Poté můžete vložit krátký popis (např. “neznámý protein”). Zkontrolujte, jestli je v políčku “Parameters” zatržena možnost “blastp” a kliknutím na “Submit” odešlete váš “job” ke zpracování na serveru.
3. Jakmile obdržíte výsledky, projděte je a pokuste se zodpovědět na Otázky k úloze.
Otázky k úloze
1. Který protein v databázi vykazuje nejlepší “hit” k vašemu neznámému proteinu?
2. Na kolik procent je tento nejlepší hit identický vašemu proteinu?
3. Jaká je biologická funkce tohoto nejpodobnějšího proteinu? (V tabulce výsledků klikněte na odkaz v druhém sloupci (DB:ID) a prohlédněte si informace v políčku “General annotation (Comments)”.)
Activity navigation
Share:
