Aperçu

Imaginez que vous avez cloné un nouveau gène et que vous avez récemment reçu les résultats du séquençage. Nous avons été en mesure de traduire la séquence nucléotidique en une séquence d’acides aminés. Cependant, nous ne savons rien de la fonction de ce gène. Nous allons donc essayer de trouver des séquences semblables dans une base de données qui contient des séquences de protéines connues afin de voir si notre protéine s’apparente à des séquences connues ainsi qu’à leurs fonctions biologiques.

Pour débuter l’activité, vous n’avez qu’à suivre les instructions sous l’onglet “Votre tâche” et essayer de répondre aux questions de l’activité.

Votre tâche

Suivez la procédure suivante :

1. L’onglet “Séquence” contient la séquence d’acides aminés de la protéine inconnue “Protéine_Bovine”.
2. Copiez la séquence et suivez les instructions sous l’onglet “Protéine BLAST” pour rechercher l’identité de la protéine.
3. Suivez les instructions sous l’onglet “Protéine BLAST” et essayez de répondre aux questions regroupées sous l’onglet “Questions”.

Séquence

Votre séquence :

Bovine_Protein
MNGTEGPNFYVPFSNKTGVVRSPFEAPQYYLAEPWQFSMLAAYMFLLIMLGFPINFLTLYVTVQHKKLRTPLNYILLNLAVADLFMVFGGFTTTLYTSLHGYFVFGPTGCNLEGFFATLGGEIALWSLVVLAIERYVVVCKPMSNFRFGENHAIMGVAFTWVMALACAAPPLVGWSRYIPEGMQCSCGIDYYTPHEETNNESFVIYMFVVHFIIPLIVIFFCYGQLVFTVKEAAAQQQESATTQKAEKEVTRMVIIMVIAFLICWLPYAGVAFYIFTHQGSDFGPIFMTIPAFFAKTSAVYNPVIYIMMNKQFRNCMVTTLCCGKNPLGDDEASTTVSKTETSQVAPA

BLAST Protéine

1. Accédez à l’outil Protéine BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) ci-dessous.
2. Collez votre séquence d’acides aminés (en incluant le symbole “plus grand que”, >, et le nom de la séquence) dans le champ “Question”. Saisissez un titre qui décrit la tâche demandée (par ex. “Protéine inconnue”). Dans le champ “Paramètres” assurez-vous que l’option “blastp” soit sélectionnée. Lancez la recherche en appuyant sur “Rechercher”.
3. En vous référant aux tables de données, essayez de répondre aux questions reliées à la tâche.

Questions

1. Quelle protéine donne le meilleur résultat dans la base de données des protéines ?
2. Quel pourcentage de similarité votre “protéine inconnue” partage-t-elle avec le meilleur résultat ?
3. Quelle est la fonction biologique connue du meilleur résultat ? (Cliquez sur le lien de la deuxième colonne du tableau des résultats (DB:ID) et rendez vous à la section “Annotations générales” (Commentaires)”.).”

Navigation d‘activité

• Exploration de l’évolution des protéines photosensibles
• Partie 1: À la recherche de l’identité des protéines
• Partie 2 : Alignements multiples des séquences de protéines
• Partie 3 : Analyses phylogénétiques des alignements de séquences de protéines
• Partie 4 : Analyses topologique et structurelle des protéines