Aperçu

Bravo ! Dans la première tâche vous avez probablement trouvé que la protéine bovine recherchée était une rhodopsine bovine – la molécule photosensible de la rétine. Maintenant, nous voulons en savoir plus au sujet des protéines de la famille de cette macromolécule afin de voir si la bio-informatique pourra nous aider à trouver des informations sur leur biochimie et leur évolution.

Pour ce faire, nous allons créer un alignement multiple de séquences. Cela signifie que nous allons utiliser des séquences d’acides aminés (que vous pourrez obtenir en utilisant les informations obtenues dans BLAST) et les aligner de manière à ce que les résidus soient toujours superposés les uns aux autres.

Vous trouverez un ensemble de séquences déjà préparées sous l’onglet “Séquences”. La première est une rhodopsine bovine sur laquelle vous avez déjà travaillé dans la Partie 1. Nous utiliserons maintenant l’outil d’alignements multiples de séquences dEMBL-EBI MUSCLE pour créer l’alignement.

Votre tâche

Suivez la procédure suivante :

1. En utilisant les séquences comprises sous l’onglet “Séquences”, alignez les 24 différentes opsines pour les comparer en utilisant l’outil d’alignements multiples de séquences dEMBL-EBI MUSCLE.
2. Suivez les instructions sous l’onglet “MUSCLE” et essayez de répondre aux questions comprises sous l’onglet “Questions”.

Séquences

Vos séquences :

>Bos_rho
MNGTEGPNFYVPFSNKTGVVRSPFEAPQYYLAEPWQFSMLAAYMFLLIMLGFPINFLTLYVTVQHKKLRTPLNYILLNLAVADLFMVFGGFTTTLYTSLHGYFVFGPTGCNLEGFFATLGGEIALWSLVVLAIERYVVVCKPMSNFRFGENHAIMGVAFTWVMALACAAPPLVGWSRYIPEGMQCSCGIDYYTPHEETNNESFVIYMFVVHFIIPLIVIFFCYGQLVFTVKEAAAQQQESATTQKAEKEVTRMVIIMVIAFLICWLPYAGVAFYIFTHQGSDFGPIFMTIPAFFAKTSAVYNPVIYIMMNKQFRNCMVTTLCCGKNPLGDDEASTTVSKTETSQVAPA

>Homo_rho
MNGTEGPNFYVPFSNATGVVRSPFEYPQYYLAEPWQFSMLAAYMFLLIVLGFPINFLTLYVTVQHKKLRTPLNYILLNLAVADLFMVLGGFTSTLYTSLHGYFVFGPTGCNLEGFFATLGGEIALWSLVVLAIERYVVVCKPMSNFRFGENHAIMGVAFTWVMALACAAPPLAGWSRYIPEGLQCSCGIDYYTLKPEVNNESFVIYMFVVHFTIPMIIIFFCYGQLVFTVKEAAAQQQESATTQKAEKEVTRMVIIMVIAFLICWVPYASVAFYIFTHQGSNFGPIFMTIPAFFAKSAAIYNPVIYIMMNKQFRNCMLTTICCGKNPLGDDEASATVSKTETSQVAPA

>Homo_melan
MNPPSGPRVPPSPTQEPSCMATPAPPSWWDSSQSSISSLGRLPSISPTAPGTWAAAWVPLPTVDVPDHAHYTLGTVILLVGLTGMLGNLTVIYTFCRSRSLRTPANMFIINLAVSDFLMSFTQAPVFFTSSLYKQWLFGETGCEFYAFCGALFGISSMITLTAIALDRYLVITRPLATFGVASKRRAAFVLLGVWLYALAWSLPPFFGWSAYVPEGLLTSCSWDYMSFTPAVRAYTMLLCCFVFFLPLLIIIYCYIFIFRAIRETGRALQTFGACKGNGESLWQRQRLQSECKMAKIMLLVILLFVLSWAPYSAVALVAFAGYAHVLTPYMSSVPAVIAKASAIHNPIIYAITHPKYRVAIAQHLPCLGVLLGVSRRHSRPYPSYRSTHRSTLTSHTSNLSWISIRRRQESLGSESEVGWTHMEAAAVWGAAQQANGRSLYGQGLEDLEAKAPPRPQGHEAETPGKTKGLIPSQDPRM

>Octopus_rho
MVESTTLVNQTWWYNPTVDIHPHWAKFDPIPDAVYYSVGIFIGVVGIIGILGNGVVIYLFSKTKSLQTPANMFIINLAMSDLSFSAINGFPLKTISAFMKKWIFGKVACQLYGLLGGIFGFMSINTMAMISIDRYNVIGRPMAASKKMSHRRAFLMIIFVWMWSIVWSVGPVFNWGAYVPEGILTSCSFDYLSTDPSTRSFILCMYFCGFMLPIIIIAFCYFNIVMSVSNHEKEMAAMAKRLNAKELRKAQAGASAEMKLAKISMVIITQFMLSWSPYAIIALLAQFGPAEWVTPYAAELPVLFAKASAIHNPIVYSVSHPKFREAIQTTFPWLLTCCQFDEKECEDANDAEEEVVASERGGESRDAAQMKEMMAMMQKMQAQQAAYQPPPPPQGYPPQGYPPQGAYPPPQGYPPQGYPPQGYPPQGYPPQGAPPQVEAPQGAPPQGVDNQAYQA

>Mizuhopecten_Gqops
MADNKSTLPGLPDINGTLNRSMTPNTGWEGPYDMSVHLHWTQFPPVTEEWHYIIGVYITIVGLLGIMGNTTVVYIFSNTKSLRSPSNLFVVNLAVSDLIFSAVNGFPLLTVSSFHQKWIFGSLFCQLYGFVGGVFGLMSINTLTAISIDRYVVITKPLQASQTMTRRKVHLMIVIVWVLSILLSIPPFFGWGAYIPEGFQTSCTFDYLTKTARTRTYIVVLYLFGFLIPLIIIGVCYVLIIRGVRRHDQKMLTITRSMKTEDARANNKRARSELRISKIAMTVTCLFIISWSPYAIIALIAQFGPAHWITPLVSELPMMLAKSSSMHNPVVYALSHPKFRKALYQRVPWLFCCCKPKEKADFRTSVCSKRSVTRTESVNSDVSSVISNLSDSTTTLGLTSEGATRANRETSFRRSVSIIKGDEDPCTHPDTFLLAYKEVEVGNLFDMTDDQNRRDSNLHSLYIPTRVQHRPTTQSLGTTPGGVYIVDNGQRVNGLTFNS

>Drosophila_rh6
MASLHPPSFAYMRDGRNLSLAESVPAEIMHMVDPYWYQWPPLEPMWFGIIGFVIAILGTMSLAGNFIVMYIFTSSKGLRTPSNMFVVNLAFSDFMMMFTMFPPVVLNGFYGTWIMGPFLCELYGMFGSLFGCVSIWSMTLIAYDRYCVIVKGMARKPLTATAAVLRLMVVWTICGAWALMPLFGWNRYVPEGNMTACGTDYFAKDWWNRSYIIVYSLWVYLTPLLTIIFSYWHIMKAVAAHEKAMREQAKKMNVASLRNSEADKSKAIEIKLAKVALTTISLWFFAWTPYTIINYAGIFESMHLSPLSTICGSVFAKANAVCNPIVYGLSHPKYKQVLREKMPCLACGKDDLTSDSRTQATAEISESQA

>Drosophila_rh2
MERSHLPETPFDLAHSGPRFQAQSSGNGSVLDNVLPDMAHLVNPYWSRFAPMDPMMSKILGLFTLAIMIISCCGNGVVVYIFGGTKSLRTPANLLVLNLAFSDFCMMASQSPVMIINFYYETWVLGPLWCDIYAGCGSLFGCVSIWSMCMIAFDRYNVIVKGINGTPMTIKTSIMKILFIWMMAVFWTVMPLIGWSAYVPEGNLTACSIDYMTRMWNPRSYLITYSLFVYYTPLFLICYSYWFIIAAVAAHEKAMREQAKKMNVKSLRSSEDCDKSAEGKLAKVALTTISLWFMAWTPYLVICYFGLFKIDGLTPLTTIWGATFAKTSAVYNPIVYGISHPKYRIVLKEKCPMCVFGNTDEPKPDAPASDTETTSEADSKA

>Xenopus_melanops
MDLGKTVEYGTHRQDAIAQIDVPDQVLYTIGSFILIIGSVGIIGNMLVLYAFYRNKKLRTAPNYFIINLAISDFLMSATQAPVCFLSSLHREWILGDIGCNVYAFCGALFGITSMMTLLAISINRYIVITKPLQSIQWSSKKRTSQIIVLVWMYSLMWSLAPLLGWSSYVPEGLRISCTWDYVTSTMSNRSYTMMLCCCVFFIPLIVISHCYLFMFLAIRSTGRNVQKLGSYGRQSFLSQSMKNEWKMAKIAFVIIIVFVLSWSPYACVTLIAWAGHGKSLTPYSKTVPAVIAKASAIYNPIIYGIIHPKYRETIHKTVPCLRFLIREPKKDIFESSVRGSIYGRQSASRKKNSFISTVSTAETVSSHIWDNTPNGHWDRKSLSQTMSNLCSPLLQDPNSSHTLEQTLTWPDDPSPKEILLPSSLKSVTYPIGLESIVKDEHTNNSCVRNHRVDKSGGLDWIINATLPRIVIIPTSESNISETKEEHDNNSEEKSKRTEEEEDFFNFHVDTSLLNLEGLNSSTDLYEVVERFLS

>Platynereis_rops
MSRSEVLVPGSMSLDGLLTTAHPIGNDSIETILHPYWQQFDIENTIPDSWHYAVAAWMTFFGILGVSGNLLVVWTFLKTKSLRTAPNMLLVNLAIGDMAFSAINGFPLLTISSINKRWVWGKLWRELYAFVGGIFGLMSINTLAWIAIDRFYVITNPLGAAQTMTKKRAFIILTIIWANASLWALAPFFGWGAYIPEGFQTSCTYDYLTQDMNNYTYVLGMYLFGFIFPVAIIFFCYLGIVRAIFAHHAEMMATAKRMGANTGKADADKKSEIQIAKVAAMTIGTFMLSWTPYAVVGVFGMIKPHSEMFIHPLLAEIPVMMAKASARYNPIIYALSHPKFRAEIDKHFPWLLCCCKPKPKAQLPSSTTKGSIASKTEADTSV

>Danio_melanops
MSHHSSWRGHHCAPGDINCTAGFKESLGSRNYKLLHVPVHGPTHSHHHDPPHPFPTVDVPDHAHYIIGSVILIVGITGVIGNALVVYVFCRSRTLRTAGNMFIVNLAVADFLMSVTQSPVFFAASLHRRWVFGERPCELYAFCGALFGICSMMTLTAIAADRCLAITQPLALVSRVSRRKAGAVFVVVWLYSLGWSLPPFFGWSAYVPEGLQTSCSWDYMTFTPSVRAYTILLFVFVFFIPLGIIGSCYFAIFQTIRAAGKEIRELDCGETHKVYERMQNEWKMAKVALVVILLFIISWSPYSVVALTATAGYSHFLTPYMNSVPAVIAKASAIHNPIIYAITHPKYRVAIARYIPVLRPILRVKEKDLRSSFSSGSVSSRRPTLTSHQCSLGVSMGNAARANGRWGKTRLSSASDSDSCWTESEADGSSVSSLTFGRRVSTEISTDTVILSPGSSVSNASGQKSERAHKVVSVPVPSITFETDAADGESLSDGKALLGGN

>Sepia_rho
MGRDIPDNETWWYNPTMEVHPHWKQFNQVPDAVYYSLGIFIGICGIIGCTGNGIVIYLFTKTKSLQTPANMFIINLAFSDFTFSLVNGFPLMTISCFIKKWVFGMAACKVYGFIGGIFGLMSIMTMSMISIDRYNVIGRPMAASKKMSHRRAFLMIIFVWMWSTLWSIGPIFGWGAYVLEGVLCNCSFDYITRDSATRSNIVCMYIFAFCFPILIIFFCYFNIVMAVSNHEKEMAAMAKRLNAKELRKAQAGASAEMKLAKISIVIVTQFLLSWSPYAVVALLAQFGPIEWVTPYAAQLPVMFAKASAIHNPLIYSVSHPKFREAIAENFPWIITCCQFDEKEVEDDKDAETEIPATEQSGGESADAAQMKEMMAMMQKMQQQQAAYPPQGAYPPQGGYPPQGYPPPPAQGGYPPQGYPPPPQGYPPAQGYPPQGYPPPQGAPPQGAPPQAAPPQGVDNQAYQA

>Takifugu_TMT
MIVSNVSLSGCAGVNGAVCAAEGHQAGGSDRSTLTPTGNLVVSVFLGFIGTFGLVNNLLVLVLFCRYKMLRSPINLLLMNISISDLLVCVLGTPFSFAASTQGRWLIGEAGCVWYGFANSLFGVVSLISLAVLSFERYSTMMTPTEADPSNYCKVCLGITLSWVYSLVWTVPPLFGWSSYGPEGPGTTCSVNWTAKTTNSISYIICLFVFCLIVPFLVIVFCYGKLLCAIRQVSGINASTSRKREQRVLCMVVIMVICYLLCWLPYGVVALLATFGPPDLVTPEASIIPSVLAKSSTVINPIIYVFMNKQFYRCFLALLCCQDPRSGSSMKSSSKVATKAKGVTPTGQRRTDLLYMVASLGRPAATIPQLGPSFDATNDFTKPPSSDTIKPVVVSLAAHCDG

>Gallus_LWops
MSSNSSQAPPNGTPGPFDGPQWPYQAPQSTYVGVAVLMGTVVACASVVNGLVIVVSICYKKLRSPLNYILVNLAVADLLVTLCGSSVSLSNNINGFFVFGRRMCELEGFMVSLTGIVGLWSLAILALERYVVVCRPLGDFQFQRRHAVSGCAFTWGWALLWSTPPLLGWSSYVPEGLRTSCGPNWYTGGSNNNSYILSLFVTCFVLPLSLILFSYTNLLLTLRAAAAQQKEADTTQRAEREVTRMVIVMVMAFLLCWLPYSTFALVVATHKGIIIQPVLASLPSYFSKTATVYNPIIYVFMNKQFQSCLLEMLCCGYQPQRTGKASPGTPGPHADVTAAGLRNKVMPAHPV

>Xenopus_Parietops
MDGNSTTPGIAVNLTVMPTIFPRSGYSILSFLMFLNAVFSICNNAIVILVTLKHPQLRNPINIFILNLSFSDLMMALCGTTIVVSTNYHGYFYLGKQFCIFQGFAVNYFGIVSLWSLTLLAYERYNVVCEPIGALKLSTKRGYQGLVFIWLFCLFWAIAPLFGWSSYGPEGVQTSCSIGWEERSWSNYSYIISYFLTCFIIPVGIIGFSYGSILRSLHQLNRKIEQQGGKTNPREEKRVVIMVLFMVLAFLICWLPYTVFALIVVINPQLYISPLAATLPTYFAKTSPVYNPIIYIFLNKQFRTYAVQCLTCGHINLDSLEEDTESVSAQAENMLTPKTNQVAPA

>Danio_MW4
MNGTEGNNFYIPLSNRTGLARSPYEYPQYYLAEPWQFKLLAVYMFFLICLGFPINGLTLLVTAQHKKLRQPLNFILVNLAVAGTIMVCFGFTVTFYTAINGYFVLGPTGCAIEGFMATLGGEVALWSLVVLAVERYIVVCKPMGSFKFSASHAFAGCAFTWVMAMACAAPPLVGWPRYIPEGMQCSCGPDYYTLNPEYNNESYVLYMFICHFILPVTIIFFTYGRLVCTVKAAAAQQQESESTQKAEREVTRMVILMVLGFLIAWTPYATVAAWIFFNKGAAFSAQFMAVPAFFSKTSALYNPVIYVLLNKQFRNCMLTTLFCGKNPLGDDESSTVSTSKTEVSSVSPA

>Danio_extraocular
MNGTEGPNFYVPMSNRTGLVRSPFEEPQYYLAEPWQFSLLAAYMLFLILGSFPINALTLYVTVQHKKLRTPLNYILLNLAVADLFMVLGGFTVTLYTALHGYFLLGVTGCNIEGFFATLGGEIALWSLVVLAIERYIVVCKPMSTFRFGEKHAIIGVGFTWVMALTCAVPPLLGWSRYIPEGMQCSCGIDYYTPKPEVHNTSFVIYMFILHFSIPLLIIFFCYSRLLCTVRAAAAQQQESETTQRAEREVTRMVVVMVIAFLVCWVPYASVAWYIFANQGAEFGPVFMTVPAFFAKSAALYNPVIYIMLNRQFRNCMLSTVCCGKNPLAEDESSSAVSSKTQSSVVSSAQVSPA

>Latimeria_Rh2
MNGTEGMNFYVPLSNRTGLVRSPFEYTQYYLAEPWKFSVLCAYMFLLIILGFPINFLTLLVTFKHKKLRQPLNYILVNLAVASLFMVVFGFTVTFYSSLNGYFVLGPMGCAMEGFFATLGGQVALWSLVVLAIERYIVVCKPMGNFRFASSHAIMGIAFTWIMALACAAPPLVGWSRYIPEGLQCSCGPDYYTLNPDFHNESYVMYLFLVHFLLPIIIIFFTYGRLICKVKEAAAQQQESASTQKAEKEVTRMVILMVIGFLTAWVPYASAAFWIFCNRGAEFTATLMTVPAFFSKSSCLFNPIIYVLLNKQFRNCMITTLCCGKNPLGDDDTSSAVSQSKTDVSSVSSSQVSPA

>Xenopus_green_ops
MSKGRPDLRMEMPDEFYVPIPLETTNISSLSPFLVPQTHLGTPGIFMSISAFMLFTIIFGFPLNLLTIICTVKYKKLRSHLNYILVNLAVANLIVICFGSTTAFYSFSQMYFSLGTLACKIEGFTATLGGIIGLWSLAVVAFERFLVICKPMGNFTFRESHAVLGCILTWVIGLVAAIPPLLGWSRYIPEGLQCSCGPDWYTVNNKWNNESYVLFLFCFCFGFPLAIIVFSYGRLLLALHAVAKQQEQSATTQKAEREVTRMVIVMVVGFLVCWLPYASFALWAVTHRGELFDLRMSSVPSVFSKASTVYNPFIYIFMNRQFRSCMMKMIFCGKNPLGDDEETSVSGSTQVSSVSSSQIAPS

>Xenopus_violet_ops
MLEEEDFYLFKNVSNVSPFDGPQYHIAPKWAFTLQAIFMGMVFLIGTPLNFIVLLVTIKYKKLRQPLNYILVNITVGGFLMCIFSIFPVFVSSSQGYFFFGRIACSIDAFVGTLTGLVTGWSLAFLAFERYIVICKPMGNFNFSSSHALAVVICTWIIGIVVSVPPFLGWSRYMPEGLQCSCGPDWYTVGTKYRSEYYTWFIFIFCFVIPLSLICFSYGRLLGALRAVAAQQQESASTQKAEREVSRMVIFMVGSFCLCYVPYAAMAMYMVTNRNHGLDLRLVTIPAFFSKSSCVYNPIIYSFMNKQFRGCIMETVCGRPMSDDSSVSSTSQRTEVSTVSSSQVSPA

>Gallus_blue_ops
MHPPRPTTDLPEDFYIPMALDAPNITALSPFLVPQTHLGSPGLFRAMAAFMFLLIALGVPINTLTIFCTARFRKLRSHLNYILVNLALANLLVILVGSTTACYSFSQMYFALGPTACKIEGFAATLGGMVSLWSLAVVAFERFLVICKPLGNFTFRGSHAVLGCVATWVLGFVASAPPLFGWSRYIPEGLQCSCGPDWYTTDNKWHNESYVLFLFTFCFGVPLAIIVFSYGRLLITLRAVARQQEQSATTQKADREVTKMVVVMVLGFLVCWAPYTAFALWVVTHRGRSFEVGLASIPSVFSKSSTVYNPVIYVLMNKQFRSCMLKLLFCGRSPFGDDEDVSGSSQATQVSSVSSSHVAPA

>Danio_LWops
MAEHWGDAIYAARRKGDETTREAMFTYTNSNNTKDPFEGPNYHIAPRWVYNVATVWMFFVVVASTFTNGLVLVATAKFKKLRHPLNWILVNLAIADLGETLFASTISVINQFFGYFILGHPMCIFEGYTVSVCGIAALWSLTVISWERWVVVCKPFGNVKFDAKWASAGIIFSWVWAAAWCAPPIFGWSRYWPHGLKTSCGPDVFSGSEDPGVQSYMVVLMITCCIIPLAIIILCYIAVYLAIHAVAQQQKDSESTQKAEKEVSRMVVVMIFAYCFCWGPYTFFACFAAANPGYAFHPLAAAMPAYFAKSATIYNPVIYVFMNRQFRVCIMQLFGKKVDDGSEVSTSKTEVSSVAPA

>Danio_SWops
MDAWAVQFGNASKVSPFEGEQYHIAPKWAFYLQAAFMGFVFIVGTPMNGIVLFVTMKYKKLRQPLNYILVNISLAGFIFDTFSVSQVSVCAARGYYSLGYTLCSMEAAMGSIAGLVTGWSLAVLAFERYVVICKPFGSFKFGQGQAVGAVVFTWIIGTACATPPFFGWSRYIPEGLGTACGPDWYTKSEEYNSESYTYFLLITCFMMPMTIIIFSYSQLLGALRAVAAQQAESESTQKAEREVSRMVVVMVGSFVLCYAPYAVTAMYFANSDEPNKDYRLVAIPAFFSKSSSVYNPLIYAFMNKQFNACIMETVFGKKIDESSEVSSKTETSSVSA

>Homo_MWops
MAQQWSLQRLAGRHPQDSYEDSTQSSIFTYTNSNSTRGPFEGPNYHIAPRWVYHLTSVWMIFVVIASVFTNGLVLAATMKFKKLRHPLNWILVNLAVADLAETVIASTISVVNQVYGYFVLGHPMCVLEGYTVSLCGITGLWSLAIISWERWMVVCKPFGNVRFDAKLAIVGIAFSWIWAAVWTAPPIFGWSRYWPHGLKTSCGPDVFSGSSYPGVQSYMIVLMVTCCITPLSIIVLCYLQVWLAIRAVAKQQKESESTQKAEKEVTRMVVVMVLAFCFCWGPYAFFACFAAANPGYPFHPLMAALPAFFAKSATIYNPVIYVFMNRQFRNCILQLFGKKVDDGSELSSASKTEVSSVSSVSPA

>Danio_mel_rec1A
MFMNGSSLNSSALDPSEQALQRPPWVTTTLGCFLIFTIVVDILGNLLVIFSVYRNKKLQNAGNIFVVSLAVADLVVAIYPYPLVLTSIFHRGWNLGYMHCQISGFLMGVSVIGSIFNITGIAINCYCYICHSLKYDKLYSDKNSVCYVLLIWALTVLAIVPNLFVGSLQYDPRVYSCTFEQSASSAYTIAVVFFHFILPIMIVTYCYLRIWVLVIQVRRRVKPDNRPKITPHDVRNFVTMFVVFVLFAVCWAPLNFIGLAVAISPERVVPLIPEWLFVASYFMAYFNSCLNAIVYGVLNQNFRREYKRIVVSVCTARIFFGESSNEAQERLKSKPSPLMTNNNQVKVDSV

MUSCLE

1. Collez toutes vos séquences d’acides aminées (incluant le symbole “plus grand que”, >, et les noms) en une seule fois dans le champ de saisie ci-dessous. (Ou, transférez un fichier FASTA contenant les séquences à partir de votre ordinateur.)

2. Sélectionnez le format de sortie ClustalW.

3. Envoyez les séquences pour l’alignement.

4. Les séquences multiples d’opsines sont maintenant alignées. Vous pouvez voir le résultat sous l’onglet “Alignement” et choisir l’option “Affichez les couleurs” pour obtenir une vue plus contrastée.

5. Pour effectuer une analyse plus poussée, nous utiliserons le programme JalView pour observer et modifier l’alignement. Pour y arriver, effectuez un clic droit sur l’onglet “Récapitulatif des résultats” puis ouvrez une nouvelle fenêtre “Récapitulatif des résultats” dans un nouvel onglet de votre navigateur (fonction : “Ouvrir le lien dans un nouvel onglet”). Dans le nouvel onglet du navigateur, ouvrez l’alignement en utilisant “JalView”. Veuillez noter que le nouvel onglet du navigateur est nécessaire seulement pour permettre à JalView de demeurer ouvert pendant l’activité; toutes les étapes suivantes de l’activité pourront être effectuées normalement sous l’onglet initial de votre navigateur.

6. Assurez-vous que vous pouvez voir toutes les 24 séquences ci-dessous en augmentant la hauteur de la fenêtre (utilisez le curseur de votre souris pour agrandir la fenêtre vers le haut).

Dans JalView, vous pouvez sélectionner différents critères de couleur pour l’alignement (allez dans la section “Couleur” pour les sélectionner). Par exemple, vous pouvez choisir la coloration en fonction du pourcentage d’identité ou de l’hydrophobicité des résidus individuels d’acides aminés.

7. Au bas de la fenêtre JalView, vous pouvez voir les résultats des alignements qui sont représentés par des barres de séquence d’identité/similarité. Est-ce que vous remarquez certaines particularités ? Essayez de répondre aux questions sous l’onglet “Questions”.

Note : veuillez ne pas fermer la fenêtre JalView lorsque vous aurez terminé cette partie de l’activité; vous en aurez besoin dans le prochain exercice.

Questions

1. Que pouvez-vous déduire à partir de cet alignement ?
2. Y a-t-il des segments de séquences qui sont plus conservés que d’autres ? Si oui, combien pouvez-vous en identifier ? Quelle est leur nature biochimique ? (Sont-ils plutôt basiques, acides, hydrophobes ou hydrophiles ?)
3. Y a-t-il des résidus conservés ou de petits motifs qui sont présents dans toutes les séquences ? Soyez prudent, l’une des séquences – “Danio_mel_rec1A” – n’est pas une opsine mais une molécule apparentée évoluée (qui sera pertinente pour la prochaine partie de l’activité).

Navigation d‘activité

• Exploration de l’évolution des protéines photosensibles
• Partie 1: À la recherche de l’identité des protéines
• Partie 2 : Alignements multiples des séquences de protéines
• Partie 3 : Analyses phylogénétiques des alignements de séquences de protéines
• Partie 4 : Analyses topologique et structurelle des protéines